Белковый протеин: Белки • Натуральные белковые добавки

Содержание

Белковый коктейль Whey Protein порошковая смесь протеин Ёбатон клубничный

Состояние	не приготовлено с термической обработкой
Белки	{{foodstuff.foodstuff.protein}} г—
Углеводы	{{foodstuff.foodstuff.carbohydrate}} г—
Сахар	{{foodstuff.foodstuff.sugar}} г-
Жиры	{{foodstuff.foodstuff.fat}} г—
Насыщенные жирные кислоты	{{foodstuff.foodstuff.saturatedFattyAcid}} г-
Транс-жирные кислоты	{{foodstuff.foodstuff.transFattyAcid}} г-
Моно-ненасыщенные	{{foodstuff.foodstuff.monoSaturated}} г-
Полиненасыщенные	{{foodstuff.foodstuff.polySaturated}} г-
Холестерин	{{foodstuff.foodstuff.cholesterol}} мг-
Волокна	{{foodstuff.foodstuff.fiber}} г—
Соль	{{foodstuff.foodstuff.salt}} г-
Вода	{{foodstuff.foodstuff.water}} г-
Кальций	{{foodstuff.foodstuff.calcium}} мг-
GI Гликемический индексhelp	{{foodstuff.foodstuff.gi}}
PHE	{{foodstuff.foodstuff.phe}} мг-
Aлкоголь	{{foodstuff.foodstuff.alcohol}} г

протеин | Yobaton

Продукт рекомендуется в качестве дополнительного источника белков к основному рациону, для оптимизации питания при сбалансированной диете, высоких физических нагрузках. Мицеллярный казеин, полученный методом ультрафильтрации с сохранением структуры белка и очищенный от солей, обеспечит Ваш организм аминокислотами на период до 7 часов, что незаменимо в ночное время суток. Входящий в состав продукта сывороточный белок многократно усиливает действие мицеллярного казеина.

Состав: мицеллярный казеин, концентрат сывороточного белка, ароматизатор, витамин С (аскорбиновая кислота), витамин В1 (тиамин), витамин В3 (ниацин), витамин В5 (пантотеновая кислота), витамин В6 (пиридоксин), витамин В12 (цианокобаломин), фолиевая кислота, подсластитель сукралоза, витаминный премикс 9-14.

Пищевая ценность в одной порции: белки 18г (24%**), жиры 1г (1,5%**), углеводы 6г (1,5%**), витамин С 17,7мг (29,5%**), ниацин 4,8мг (26,7%**), витамин В5 1,68мг (28%**), витамин В6 0,72мг (36%**), витамин В1 0,66мг (47%**), витамин В12 0,6мг (60%**).

Энергетическая ценность: 105ккал/429кДж (4%**).

** — Средняя суточная потребность (в 1 порции).

Рекомендации по употреблению: для достижения наилучшего эффекта принимать по одной порции ежедневно вечером за 30 минут до сна, между основными приемами пищи, не более трех порций в день или в соответствии с Вашей индивидуальной программой питания.

Способ приготовления: смешайте содержимое двух мерных ложек продукта (30 г) в шейкере/блендере с 200-250 мл обезжиренного молока/воды комнатной температуры до однородной массы в течение 15-30 секунд. Употребить готовый продукт сразу после приготовления.

Условия хранения: хранить в сухом, прохладном, защищенном от света и недоступном для детей месте при t не выше 25°С.

Годен в закрытой упаковке в течение двух лет с даты изготовления. После вскрытия упаковки хранить не более 60 дней. Дата изготовления и номер партии указаны на упаковке.

Противопоказания: индивидуальная непереносимость компонентов продукта, не рекомендуется употреблять лицам до 18 лет, при беременности и кормлении грудью. Не является лекарственным средством. Перед употреблением необходимо проконсультироваться с врачом.

Изготовлено в соответствии с ТУ 10.89.19-046-14561618-2020.

Полипротэн Протеин Медицина — лечебное питание 400 гр.

ПОЛИПРОТЭН Протеин Медицина
(Белковый модуль)

ПОЛИПРОТЭН Протеин Медицина — специализированная высокобелковая, низкокалорийная смесь для восполнения в организме белка. Рекомендуется к употреблению при критических состояниях, стрессах, интенсивных нагрузках. Это оптимальный источник белка для пациентов с катаболическими нарушениями, а также для коррекции азотистого баланса.

Смесь прошла клинические испытания и рекомендована к применению Кафедрой Госпитальной Хирургии №2 Российского Государственного Медицинского Университета.

Показания к применению

ПОЛИПРОТЭН Протеин Медицина — оптимальный источник легкоусвояемого белка. ПОЛИПРОТЭН Протеин медицина позволяет осуществить индивидуальный подход в восполнении дефицита белка в зависимости от потреблений пациента. Успешно используется в программах комплексного лечения метаболического синдрома, а также для коррекции азотистого баланса.

При выраженных гиперкатаболических состояниях потери белка могут достигать 150-200 грамм в сутки. В таких случаях ПОЛИПРОТЭН Протеин медицина незаменим. Коррекция подобных состояний проводится из расчета 1,5-2 грамма белка на 1 кг. массы тела в сутки.

Модульный принцип позволяет осуществить индивидуальный подход в расчете белковых потребностей.

Отличительные особенности

Сухая питательная смесь ПОЛИПРОТЭН Протеин медицина обладает рядом очень важных уникальных особенностей:

предотвращает потерю мышечной массы
улучшает регенеративные способности организма
отсутствие Глютена является прямым показанием для применения данных смесей при Целиакии
отсутствие лактозы
отсутствеие сахара
отсутствие ингредиентов животного происхождения
уменьшение явлений уремической интоксикации
положительное влияние на баланс азота
поддерживает синтез гормонов и ферментов
поддерживает целостность слизистой оболочки кишечника, стимуляция моторики кишечника

Состав

Пищевая и энергетическая ценность на 100 гр.:

Осмолярность	315 мОсм/кг
Белки	60 гр.
Жиры	4,5 гр.
Углеводы	20 гр.
L-карнитин	525 мг.
Янтарная кислота	62 мг.
Пищевые волокна	6,3 гр.
Селен на органическом носителе	4,4 мкг.
Витаминеральный премикс	1/4 суточной потребности
Калорийность	376 ккал
Калорийность безбелковая	132 ккал

Продукт гипоаллергенен. В отличие от чистого Supro®, ПОЛИПРОТЭН Протеин обогащен энергетическими составляющими — сложными углеводами и легкоусвояемыми жирами, а также L-карнитином, селеном на органическом носителе, янтарной кислотой, пищевыми волокнами, витаминами, микроэлементами. Железо (Fe), кальций (Ca) — в легкоусвояемой форме.

Входящий в состав смеси L-карнитин и его производные являются важными факторами метаболизма жирных кислот, а содержащиеся в смеси пищевые волокна (пектин и лигнин) улучшают работу желудочно-кишечного тракта, препятствуют развитию дисбактериоза и способствуют выведению воды через кишечник. Включение в состав питательной смеси

соединений Селена (селеноцистеина и селенометионина) обеспечивает нормальный синтез селен-индуцированного фермента глутатионпероксидазы — основного фермента антиоксидантной защиты. Селен хорошо усваивается благодаря внедрению его на органический носитель – микроводоросль Спирулину. Входящая в состав смеси янтарная кислота способствует быстрому ресинтезу АТФ, обладает кардиотоническим действием, активирует нейрогуморальную систему, обеспечивает отдачу кислорода оксигемоглобином, обладает антиоксидантным и антикетогенным действием. Небелковая калорийность смеси обеспечивается медленно всасывающимися углеводами (мальтодекстрин), которые не вызывают повышения уровня сахара в крови, и растительными жирами, не повышающими уровень холестерина и являющимися доступным источником калорий у истощенных больных с нарушением абсорбции жира.

Как принимать Полипротэн Протеин медицина?

Особенно важно отметить, что ПОЛИПРОТЭН Протеин не БАД, не пищевая добавка, а полноценный сбалансированный продукт питания, содержащий необходимое количество белков, углеводов, жиров, витаминов и микроэлементов и может использоваться в качестве полного или частичного заменителя традиционного питания.

Выпускается в виде сухой смеси (порошка). Упаковка 400 грамм. Имеет приятный, слегка сладковатый ванильный вкус близкий к натуральному. Идеально подходит для приготовления коктейлей и смузи.

Употребляется из расчёта 1-2 гр. белка на 1 кг. массы тела в сутки. Разовая порция не должна превышать 30 гр. белка (1,7 мерных ложек смеси, 50 гр.). Развести в 300-400 мл. теплой воды, молока, кисломолочных продуктов, сока и т.п. Эффективно и удобно смешивать готовый напиток в шейкере или блендере. Для расширения вкусовой гаммы можно добавить овощи или фрукты.

В отличие от специализированных смесей, содержащих молочные и сывороточные белки, при использовании ПОЛИПРОТЭН Протеин отсутствуют диспепсические явления: вздутие живота, жидкий стул, слабость после приема пищи и т.п.

Калорийность Протеин белковый MultiProtein «Клубника/банан» PRIME KRAFT. Химический состав и пищевая ценность.

Химический состав и анализ пищевой ценности

Пищевая ценность и химический состав

«Протеин белковый MultiProtein «Клубника/банан» PRIME KRAFT».

В таблице приведено содержание пищевых веществ (калорийности, белков, жиров, углеводов, витаминов и минералов) на 100 грамм съедобной части.

Нутриент	Количество	Норма**	% от нормы в 100 г	% от нормы в 100 ккал	100% нормы
Калорийность	360 кКал	1684 кКал	21.4%	5.9%	468 г
Белки	78.3 г	76 г	103%	28.6%	97 г
Жиры	2.7 г	56 г	4.8%	1.3%	2074 г
Углеводы	5.7 г	219 г	2.6%	0.7%	3842 г
Незаменимые аминокислоты
Аргинин*	0.675 г	~
Валин	1.451 г	~
Гистидин*	0.474 г	~
Изолейцин	1.363 г	~
Лейцин	2.502 г	~
Лизин	2.162 г	~
Метионин	0.566 г	~
Треонин	1.538 г	~
Триптофан	0.404 г	~
Фенилаланин	0.871 г	~
Заменимые аминокислоты
Аланин	1.093 г	~
Аспарагиновая кислота	2.185 г	~
Глицин	0.441 г	~
Глутаминовая кислота	3.839 г	~
Пролин	1.677 г	~
Серин	1.275 г	~
Тирозин	0.829 г	~
Цистеин	0.45 г	~

Энергетическая ценность Протеин белковый MultiProtein «Клубника/банан» PRIME KRAFT составляет 360 кКал.

Основной источник: Создан в приложении пользователем. Подробнее.

** В данной таблице указаны средние нормы витаминов и минералов для взрослого человека. Если вы хотите узнать нормы с учетом вашего пола, возраста и других факторов, тогда воспользуйтесь приложением «Мой здоровый рацион».

Многокомпонентный протеин

Очень многие спортсмены употребляют высокобелковые смеси для компенсации дефицита аминокислот

Очень многие спортсмены употребляют высокобелковые смеси для компенсации дефицита аминокислот, необходимых для роста и развития качественной мускулатуры.

Как протеин может помочь росту мышц?

Протеины — это самые важные компоненты для мышечной массы, позволяющие осуществить тренировку на более высоком уровне, потому как они повышают выносливость, когнитивную активность и ускоряют восстановление. Протеины делятся на два типа — на основе растительных или животных белков быстрого либо медленного усвоения. Конечно, логичнее приобрести одновременно несколько упаковок с разными смесями, но далеко не всем спортсменам это удобно как в применении, так и для финансовой стороны, исходя из этого, самым оптимальным вариантом белкового спортивного питания считаются комплексные добавки.

Многокомпонентный протеин — что это такое и как выбрать?

Основной особенностью многокомпонентного протеина является то, что он изготовлен из нескольких видов белка и чаще всего, в него включены матрицы компонентов с различной скоростью абсорбции:

Сывороточный белок, который обеспечивает сиюсекундный анаболический отклик. В основном, это сывороточный изолят или многокомпонентный протеин сыворотки — изолированная, гидролизованная и концентрированная вытяжки.

Яичный альбумин. Замечательно усваивается и в таблице скорости абсорбции, находится на промежуточной позиции между сывороткой и медленными белками. Казеин. Систематически транспортирует аминокислоты, и тем самым питает массу тела до 8 часов. Преимущественно выгоден многокомпонентный протеин для похудения, который в составе имеет казеинат кальция, поскольку он не только предотвращает мышечный катаболизм в период отдыха и отсутствия повседневного питания, но и снижает аппетит.

Соевый белок. Кроме адекватной цены, он имеет массу антиоксидантных свойств и характеризуется как медленная низкокалорийная добавка. Соевый белок подойдет почти для всех тренинг целей. Возможно применять многокомпонентный протеин для набора мышечной массы, для снижения веса, для возмещения расходов питательных элементов на силовых и высокоинтенсивных тренировках. Комплексные протеины не менее востребованы, чем другие белковые смеси. Довольно тяжело сказать, какой протеин лучше сывороточный или многокомпонентный, ведь, по сути, это два равноценных продукта спортивного питания. Главным отличием сывороточного протеина от многокомпонентного в том, что сывороточный протеин почти что сразу и полноценно восполняет белковый дефицит, даже после усиленной тренировки, а многокомпонентный протеин, подкрепляет мышцы и предоставляет антикатаболическую защиту на долгосрочное время.

Как пить много компонентные протеины?

Для того, чтобы многокомпонентный протеин оказал максимальную поддержку организму, необходимо понимать то, как употреблять спортивную добавку наиболее оптимально. Принимать смесь лучше всего за 2 часа перед занятиями в тренажерном зале. Тем самым, вы сможете обеспечить полноценный протеиновый заряд на всю тренировку. После занятия спортом, оптимальнее будет принять сывороточный продукт, потому как организм потребует высокое количество чистых быстрых ферментов, для насыщения белкового голода и активации роста мышечной ткани.

Для качественной защиты от катаболизма в период отдыха, советуют употреблять многокомпонентный протеин на ночь, перед сном. В поездке, либо на работе, довольно-таки часто приходится долго обходиться без пищи. Это время, в особенности негативно отражается на мышечной массе, которая не получает требуемой подпитки для роста, энергообмена и восстановления. Поэтому целесообразно также принимать многокомпонентный протеин между приёмами питания, если Вы уверены, что следующий приём пищи будет не скоро.

Последние достижения в разработке модуляторов белок-белковых взаимодействий: механизмы и клинические испытания

Феррари С., Пеллати Ф. и Кости, член парламента Нарушение взаимодействия белок-белок (Springer, Berlin, 2013) .

Stelzl, U. et al. Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома. Cell 122 , 957–968 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

Rual, J. F. et al. К карте протеомного масштаба сети белок-белкового взаимодействия человека. Природа 437 , 1173–1178 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

Venkatesan, K. et al. Эмпирическая основа для бинарного картирования интерактомов. Nat. Методы 6 , 83–90 (2009).

CAS PubMed Статья Google ученый

Ко, Г. С., Поррас, П., Аранда, Б., Хермьякоб, Х. и Орчард, С. Е. Анализ сетей белок-белкового взаимодействия. J. Proteome Res. 11 , 2014–2031 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

Аркин, М. Р. и Уитти, А. Дорога, которую не искали: модулирование ферментов передачи сигнала путем ингибирования их белок-белковых взаимодействий. Curr. Opin. Chem. Биол. 13 , 284–290 (2009).

CAS PubMed Статья Google ученый

Лореджиан, А. и Палу, Г. Нарушение белок-белковых взаимодействий: к новым мишеням для химиотерапии. J. Cell Physiol. 204 , 750–762 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

Неро, Т. Л., Мортон, К. Дж., Холиен, Дж. К., Виленс, Дж. И Паркер, М.W. Онкогенные белковые интерфейсы: маленькие молекулы, большие проблемы. Nat. Ред. Рак 14 , 248–262 (2014).

CAS PubMed Статья Google ученый

White, A. W., Westwell, A. D. и Brahemi, G. Белковые взаимодействия как мишени для низкомолекулярных терапевтических средств при раке. Expert Rev. Mol. Med. 10 , e8 (2008).

PubMed Статья Google ученый

10.

Блейзер, Л. и Нойбиг, Р. Р. Низкомолекулярные ингибиторы белок-белкового взаимодействия как терапевтические агенты для ЦНС: текущий прогресс и будущие препятствия. Нейропсихофармакология 34 , 126–141 (2008).

PubMed Статья CAS PubMed Central Google ученый

11.

Rosell, M. & Fernandez-Recio, J. Анализ горячих точек для открытия лекарств, направленных на белок-белковые взаимодействия. Мнение эксперта.Drug Discov. 13 , 327–338 (2018).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

12.

Милрой, Л. Г., Гроссманн, Т. Н., Хенниг, С., Брунсвельд, Л. и Оттманн, С. Модуляторы белок-белковых взаимодействий. Chem. Ред. 114 , 4695–4748 (2014).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

13.

Хилл, Т. А., Шеперд, Н. Е., Динесс, Ф. и Фэрли, Д. П. Сдерживание циклических пептидов имитацией мотивов белковой структуры. Angew. Chem. Int. Эд. 53 , 13020–13041 (2014).

CAS Статья Google ученый

14.

Nevola, L. & Giralt, E. Модуляция белок-белковых взаимодействий: потенциал пептидов. Chem. Commun. 51 , 3302–3315 (2015).

CAS Статья Google ученый

15.

Скотт Д. Э., Бейли А. Р., Абелл К. и Скидмор Дж. Малые молекулы, большие цели: при открытии новых лекарств возникает проблема взаимодействия белок-белок. Nat. Rev. Drug Discov. 15 , 533–550 (2016).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

16.

Уэллс, Дж. А. и МакКлендон, К. Л. Достижение высоких плодов при открытии лекарств на границе раздела белок-белок. Природа 450 , 1001–1009 (2007).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

17.

Santos, R. et al. Полная карта молекулярных мишеней для лекарств. Nat. Rev. Drug Discov. 16 , 19–34 (2017).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

18.

Койн, А.Г., Скотт, Д.Э. и Абелл, К. Введение лекарств в сложные мишени с использованием фрагментарных подходов. Curr. Opin. Chem. Биол. 14 , 299–307 (2010).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

19.

Winter, A. et al. Биофизические и вычислительные подходы на основе фрагментов к нацеливанию белок-белковых взаимодействий: приложения в открытии лекарств на основе структуры. Q. Rev. Biophys. 45 , 383–426 (2012).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

20.

Штумпф, М. П. Х. и др. Оценка размера человеческого интерактома. Proc. Natl Acad. Sci. 105 , 6959–6964 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

21.

Smith, M. C. & Gestwicki, J. E. Особенности белок-белковых взаимодействий, которые превращаются в сильные ингибиторы: топология, площадь поверхности и сродство. Expert Rev. Mol. Med. 14 , e16 (2012).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

22.

Cheng, A.C. et al. Модель максимального сродства, основанная на структуре, предсказывает лекарственные свойства малых молекул. Nat. Biotechnol. 25 , 71–75 (2007).

PubMed Статья CAS PubMed Central Google ученый

23.

Buchwald, P. Низкомолекулярные ингибиторы белок-белкового взаимодействия: терапевтический потенциал в свете размера молекулы, химического пространства и соображений эффективности связывания лиганда. IUBMB Life 62 , 724–731 (2010).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

24.

Аркин М. Р. и Уэллс Дж. А. Низкомолекулярные ингибиторы белок-белковых взаимодействий: продвижение к мечте. Nat. Rev. Drug Discov. 3 , 301–317 (2004).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

25.

Диаз-Эуфрасио, Б. И., Навежа, Дж. Дж. И Медина-Франко, Дж. Л. Модуляторы белок-белкового взаимодействия для эпигенетической терапии. Adv. Protein Chem. Struct. Биол. 110 , 65–84 (2018).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

26.

Иванов А.А., Хури Ф. Р. и Фу Х. Нацеливание на белок-белковые взаимодействия как противораковая стратегия. Trends Pharmacol. Sci. 34 , 393–400 (2013).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

27.

Липински, К. А., Ломбардо, Ф., Домини, Б. В. и Фини, П. Дж. Экспериментальные и вычислительные подходы для оценки растворимости и проницаемости в условиях открытия и разработки лекарств. Adv. Препарат Делив. Ред. 23 , 3–25 (1997).

CAS Статья Google ученый

28.

Шангари, С. и Ван, С. Низкомолекулярные ингибиторы белок-белкового взаимодействия MDM2-p53 для реактивации функции p53: новый подход к терапии рака. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 49 , 223–241 (2009).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

29.

Гепперт, Т., Хой, Б., Весслер, С. и Шнайдер, Г. Идентификация границ раздела белок-белок и остатков «горячих точек» на основе контекста. Chem. Биол. 18 , 344–353 (2011).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

30.

Морейра, И. С., Фернандес, П. А. и Рамос, М. Дж. Горячие точки — обзор аминокислотных остатков детерминант межбелкового интерфейса. Белки 68 , 803–812 (2007).

CAS PubMed Статья Google ученый

31.

Джанин, Дж., Бахадур, Р. П. и Чакрабарти, П. Белковые взаимодействия и четвертичная структура. Q. Rev. Biophys. 41 , 133–180 (2008).

CAS PubMed Статья Google ученый

32.

Торн, К. С. и Боган, А. А. ASEdb: база данных мутаций аланина и их влияния на свободную энергию связывания при взаимодействии белков. Биоинформатика 17 , 284–285 (2001).

CAS PubMed Статья Google ученый

33.

Василев Л. Т. и др. Активация in vivo пути p53 низкомолекулярными антагонистами MDM2. Наука 303 , 844–848 (2004).

CAS PubMed Статья Google ученый

34.

Grasberger, B. L. et al. Открытие и сокристаллическая структура антагонистов бензодиазепиндиона HDM2, которые активируют р53 в клетках. J. Med. Chem. 48 , 909–912 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

35.

Allen, J. G. et al. Открытие и оптимизация хроменотриазолопиримидинов в качестве мощных ингибиторов белкового взаимодействия белка 53 мыши с двойной минутой 2-опухоли. J. Med Chem. 52 , 7044–7053 (2009).

CAS PubMed Статья Google ученый

36.

Хайдук, П. Дж. И Грир, Дж. Десятилетие разработки лекарств на основе фрагментов: стратегические достижения и извлеченные уроки. Nat. Rev. Drug Discov. 6 , 211–219 (2007).

CAS PubMed Статья Google ученый

37.

Сильвестр, Х. Л., Бланделл, Т. Л., Абелл, К. и Чиулли, А. Интегрированный биофизический подход к скринингу фрагментов и валидации для обнаружения свинца на основе фрагментов. Proc. Natl Acad.Sci. США 110 , 12984–12989 (2013).

CAS PubMed Статья Google ученый

38.

Маги Т.В. Прогресс в открытии низкомолекулярных модуляторов белок-белковых взаимодействий посредством скрининга фрагментов. Bioorg. Med. Chem. Lett. 25 , 2461–2468 (2015).

CAS PubMed Статья Google ученый

39.

Рис, Д. К., Конгрив, М., Мюррей, К. В. и Карр, Р. Открытие свинца на основе фрагментов. Nat. Rev. Drug Disco. 3 , 660–672 (2004).

CAS Статья Google ученый

40.

Schuffenhauer, A. et al. Дизайн библиотеки для просмотра по фрагментам. Curr. Верхний. Med. Chem. 5 , 751–762 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

41.

Wu, B. et al. HTS с помощью ЯМР комбинаторных библиотек: фрагментарный подход к обнаружению лигандов. Chem. Биол. 20 , 19–33 (2013).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

42.

Луговской А.А. и др. Новый подход к характеристике комплексов белков-лиганд: молекулярная основа специфичности низкомолекулярных ингибиторов Bcl-2. J. Am. Chem. Soc. 124 , 1234–1240 (2002).

CAS PubMed Статья Google ученый

43.

Chung, C. W., Dean, A. W., Woolven, J. M. & Bamborough, P. Открытие ингибиторов бромодомена на основе фрагментов, часть 1: способы связывания ингибитора и значение для ведущего открытия. J. Med. Chem. 55 , 576–586 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

44.

Шенг, К., Донг, Г., Мяо, З., Чжан, В. и Ван, В. Современные стратегии воздействия на белок-белковые взаимодействия с помощью низкомолекулярных ингибиторов. Chem. Soc. Ред. 44 , 8238–8259 (2015).

CAS PubMed Статья Google ученый

45.

Buckley, D. L. et al. Низкомолекулярные ингибиторы взаимодействия между лигазой E3 VHL и HIF1alpha. Angew. Chem. Int. Эд. 51 , 11463–11467 (2012).

CAS Статья Google ученый

46.

Buckley, D. L. et al. Нацеливание на убиквитин-лигазу von Hippel-Lindau E3 с использованием небольших молекул для нарушения взаимодействия VHL / HIF-1альфа. J. Am. Chem. Soc. 134 , 4465–4468 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

47.

Мейсон, Дж. М. Дизайн и разработка пептидов и пептидных миметиков в качестве антагонистов для терапевтического вмешательства. Future Med. Chem. 2 , 1813–1822 (2010).

CAS PubMed Статья Google ученый

48.

Баллок Б. Н., Йочим А. Л. и Арора П. С. Оценка спиральных интерфейсов белков для дизайна ингибиторов. J. Am. Chem. Soc. 133 , 14220–14223 (2011).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

49.

Yap, J. L. et al. Идентификация фармакофоров ингибитора c-Myc 10074-G5. Bioorg. Med. Chem. Lett. 23 , 370–374 (2013).

CAS PubMed Статья Google ученый

50.

Yin, H. et al. Α-спиральные протеомиметики Bak Bh4 на основе терфенила в качестве низкомолекулярных антагонистов Bcl-x L. J. Am. Chem. Soc. 127 , 10191–10196 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

51.

Cheng, L., Yin, H. & Farooqi, B. Миметики α-спирали p53 противодействуют взаимодействию p53 / MDM2 и активируют p53. Мол. Лечение рака. 4 , 1019–1025 (2005).

Артикул Google ученый

52.

Scheper, J. et al. Антагонисты белок-белкового взаимодействия как новые ингибиторы неканонического полиубиквитилирования. PLoS ONE 5 , e11403 (2010).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

53.

Лоуренс, Х. Р. и др. Идентификация нарушителя белок-белкового взаимодействия MDM2-p53, чему способствует высокопроизводительный докинг in silico. Bioorg. Med. Chem. Lett. 19 , 3756–3759 (2009).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

54.

Tian, W. et al. Основанное на структуре открытие нового ингибитора, нацеленного на взаимодействие бета-катенин / Tcf4. Биохимия 51 , 724–731 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

55.

Лу С., Шен К. и Чжан Дж. Аллостерические методы и их приложения: содействие открытию аллостерических лекарств и исследованию аллостерических механизмов. В соотв. Chem. Res. 52 , 492–500 (2019).

CAS PubMed Статья Google ученый

56.

Changeux, J.П. Концепция аллостерической модуляции: обзор. Drug Discov. Сегодня Technol. 10 , e223 – e228 (2013).

PubMed Статья Google ученый

57.

Петта, И., Ливенс, С., Либерт, К., Тавернье, Дж. И Де Босшер, К. Модуляция белок-белковых взаимодействий для разработки новых терапевтических средств. Мол. Ther. 24 , 707–718 (2016).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

58.

Коссинс, Б. П. и Лоусон, А. Д. Малые молекулы нацелены на белок-белковые взаимодействия посредством аллостерической модуляции динамики. Molecules 20 , 16435–16445 (2015).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

59.

Ван, Н., Лодж, Дж. М., Фиерке, К. А. и Мапп, А. К. Рассечение аллостерических эффектов комплексов активатор-коактиватор с использованием ковалентного низкомолекулярного лиганда. Proc. Natl Acad. Sci. США 111 , 12061–12066 (2014).

CAS PubMed Статья Google ученый

60.

Фишер Г., Россманн М. и Хивонен М. Альтернативная модуляция белок-белковых взаимодействий небольшими молекулами. Curr. Opin. Biotechnol. 35 , 78–85 (2015).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

61.

Тиль П., Кайзер М. и Оттманн К. Стабилизация белок-белковых взаимодействий низкомолекулярными соединениями: недооцененная концепция при открытии лекарств? Angew. Chem. Int Ed. Англ. 51 , 2012–2018 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

62.

Zarzycka, B. et al. Стабилизация комплексов межбелкового взаимодействия через небольшие молекулы. Drug Discov. Сегодня 21 , 48–57 (2016).

CAS PubMed Статья Google ученый

63.

Gestwicki, J. & P, M. Химический контроль над межбелковыми взаимодействиями: помимо ингибиторов. Комб. Chem. Высокий. Экран пропускной способности. 10 , 667–675 (2007).

CAS Статья Google ученый

64.

Хесус Перес де Вега, М., М., М.-М. И Р., Г.-М. Модуляция белок-белковых взаимодействий путем стабилизации / имитации элементов вторичной структуры белка. Curr. Верхний. Med. Chem. 7 , 33–62 (2007).

Артикул Google ученый

65.

Вусден, К. Х. и Лу, X. Живи или дай умереть: ответ клетки на p53. Nat. Rev. Cancer 2 , 594–604 (2002).

CAS PubMed Статья Google ученый

66.

Феки А. и Ирмингер-Фингер И. Спектр мутаций мутаций р53 в первичных опухолях молочной железы и яичников. Crit. Преподобный Онкол. Гематол. 52 , 103–116 (2004).

PubMed Статья Google ученый

67.

Wang, X. & Jiang, X. Партнер Mdm2 и MdmX по регуляции p53. FEBS Lett. 586 , 1390–1396 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

68.

Shangary, S. & Wang, S. Ориентация на взаимодействие MDM2-p53 для лечения рака. Clin. Cancer Res. 14 , 5318–5324 (2008).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

69.

Shangary, S. et al. Временная активация p53 специфическим ингибитором MDM2 избирательно токсична для опухолей и приводит к полному ингибированию роста опухоли. Proc. Natl Acad. Sci. США 105 , 3933–3938 (2008).

CAS PubMed Статья Google ученый

70.

Тангуду Р. Р., Брайант С. Х., Панченко А. Р. и Мадедж Т. Регулирование белок-белковых взаимодействий с небольшими молекулами: важность связывания горячих точек. J. Mol. Биол. 415 , 443–453 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

71.

Chen, L. et al. Миметики альфа-спирали P53 противодействуют взаимодействию p53 / MDM2 и активируют p53. Мол. Лечение рака. 4 , 1019–1025 (2005).

CAS Статья Google ученый

72.

Ding, K. et al. Дизайн на основе структуры спирооксиндолов как мощных, специфических низкомолекулярных ингибиторов взаимодействия MDM2-p53. J. Med. Chem. 49 , 3432–3435 (2006).

CAS PubMed Статья Google ученый

73.

Vu, B. et al. Открытие RG7112: низкомолекулярного ингибитора MDM2, находящегося в стадии клинической разработки. ACS Med. Chem. Lett. 4 , 466–469 (2013).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

74.

Chang, Y. S. et al. Разработка лекарственного препарата на основе скрепленного альфа-спирального пептида: мощный двойной ингибитор MDM2 и MDMX для лечения р53-зависимого рака. Proc. Natl Acad. Sci. США 110 , E3445 – E3454 (2013).

CAS PubMed Статья Google ученый

75.

Ли, X., Лю, Р. и Фанг, Х. Bcl-2: прогресс исследований от цели к запущенному лекарству. Acta Pharma. Грех. 53 , 509–517 (2018).

Google ученый

76.

Молдовяну, Т., Фоллис, А. В., Кривацкий, Р. В. и Грин, Д. Р. Многие игроки в семейных делах BCL-2. Trends Biochem. Sci. 39 , 101–111 (2014).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

77.

Кори С. и Адамс Дж. М. Семейство Bcl2: регуляторы клеточного переключателя жизни и смерти. Nat. Rev. Cancer 2 , 647–656 (2002).

CAS PubMed Статья Google ученый

78.

Кори, С. и Адамс, Дж. М. Уничтожение раковых клеток путем переключения переключателя Bcl-2 / Bax. Cancer Cell 8 , 5–6 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

79.

Петрос А. М., Олейничак Э. Т. и Фесик С. В. Структурная биология семейства белков Bcl-2. Биохим. Биофиз. Acta 1644 , 83–94 (2004).

CAS PubMed Статья Google ученый

80.

Фоглер, М., Динсдейл, Д., Дайер, М. Дж. И Коэн, Г. М. Ингибиторы Bcl-2: небольшие молекулы с большим влиянием на терапию рака. Cell Death Differ. 16 , 360–367 (2009).

CAS PubMed Статья Google ученый

81.

Billard, C. Разработка новых миметиков Bh4 для лечения хронического лимфолейкоза. Лейкемия 26 , 2032–2038 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

82.

Oltersdorf, T. et al. Ингибитор белков семейства Bcl-2 вызывает регрессию солидных опухолей. Природа 435 , 677–681 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

83.

Yu, Y. et al. ABT737 индуцирует апоптоз и митофагию митохондриального пути, регулируя DRP1-зависимое деление митохондрий в клетках рака яичников человека. Биомед. Фармакотер. 96 , 22–29 (2017).

CAS PubMed Статья Google ученый

84.

Paoluzzi, L. et al. Миметик, содержащий только Bh4, ABT-737 синергизирует противоопухолевую активность ингибиторов протеасом при лимфоидных злокачественных новообразованиях. Кровь 112 , 2906–2916 (2008).

CAS PubMed Статья Google ученый

85.

Park, C. M. et al. Открытие перорального биодоступного низкомолекулярного ингибитора протеинов B-клеточной лимфомы 2 для выживания. J. Med. Chem. 51 , 6902–6915 (2008).

CAS PubMed Статья Google ученый

86.

Tse, C. et al. ABT-263: мощный и биодоступный при пероральном приеме ингибитор семейства Bcl-2. Cancer Res. 68 , 3421–3428 (2008).

CAS PubMed Статья Google ученый

87.

Rudin, C.M. et al. Фаза II исследования монотерапии навитоклаксом (ABT-263) и биомаркера коррелирует у пациентов с рецидивом мелкоклеточного рака легкого. Clin. Cancer Res. 18 , 3163–3169 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

88.

Souers, A. J. et al. ABT-199, мощный и селективный ингибитор BCL-2, проявляет противоопухолевую активность при сохранении тромбоцитов. Nat. Med. 19 , 202–208 (2013).

CAS PubMed Статья Google ученый

89.

Картер, П. Дж. И Лазар, Г. А. Препараты на основе антител нового поколения: стремление к «высокому плоду». Nat. Rev. Drug Discov. 17 , 197–223 (2018).

CAS PubMed Статья Google ученый

90.

Cummins, J. M. et al. Х-связанный ингибитор белка апоптоза (XIAP) является неизбыточным модулятором апоптоза, опосредованного лигандом, индуцирующим апоптоз, связанным с фактором некроза опухоли (TRAIL), в раковых клетках человека. Cancer Res. 64 , 3006–3008 (2004).

CAS PubMed Статья Google ученый

91.

Рамбл, Дж. М. и Дакетт, К. С. Разнообразные функции в семействе IAP. J. Cell Sci. 121 , 3505–3507 (2008).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

92.

Gyrd-Hansen, M. & Meier, P.IAP: от ингибиторов каспаз до модуляторов NF-κB, воспаления и рака. Nat. Rev. Cancer 10 , 561–574 (2010).

CAS PubMed Статья Google ученый

93.

Хантер, А. М., ЛаКасс, Э. К. и Корнелюк, Р. Г. Ингибиторы апоптоза (IAP) как мишени для рака. Апоптоз 12 , 1543–1568 (2007).

CAS PubMed Статья Google ученый

94.

Фульда, С. и Дебатин, К. М. Внешние пути апоптоза в сравнении с внутренними путями противоопухолевой химиотерапии. Онкоген 25 , 4798–4811 (2006).

CAS PubMed Статья Google ученый

95.

Салвесен, Г. С. и Дакетт, К. С. Белки IAP: блокирование дороги к порогу смерти. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 3 , 401–410 (2002).

CAS PubMed Статья Google ученый

96.

Chai, J. et al. Структурно-биохимические основы апоптотической активации Smac / DIABLO. Nature 406 , 855–862 (2000).

CAS PubMed Статья Google ученый

97.

Шиозаки, Э. Н. и Ши, Ю. Каспазы, IAP и Smac / DIABLO: механизмы из структурной биологии. Trends Biochem. Sci. 29 , 486–494 (2004).

CAS PubMed Статья Google ученый

98.

Shiozaki, E. N. et al. Механизм XIAP-опосредованного ингибирования каспазы-9. Мол. Ячейка 11 , 519–527 (2003).

CAS PubMed Статья Google ученый

99.

Wu, G. et al. Структурные основы распознавания IAP по Smac / DIABLO. Природа 408 , 1008–1012 (2000).

CAS PubMed Статья Google ученый

100.

Srinivasula, S. M. et al. Консервативный мотив взаимодействия XIAP в каспазе-9 и Smac / DIABLO регулирует активность каспазы и апоптоз. Nature 410 , 112–116 (2001).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

101.

Flygare, J. A. et al. Открытие мощного низкомолекулярного антагониста белков-ингибиторов апоптоза (IAP) и клинического кандидата для лечения рака (GDC-0152). J. Med. Chem. 55 , 4101–4113 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

102.

Tolcher, A. W. et al. Исследование фазы I повышения дозы, оценивающее переносимость безопасности и фармакокинетику CUDC-427, мощного перорального моновалентного антагониста IAP, у пациентов с рефрактерными солидными опухолями. Clin. Cancer Res. 22 , 4567–4573 (2016).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

103.

Bardia, A. et al. Паклитаксел с ингибитором антагониста апоптоза, LCL161, для локализованного тройного отрицательного рака молочной железы, проспективно стратифицированный по сигнатуре гена в неоадъювантном исследовании, основанном на биомаркерах. J. Clin. Онкол. 36 , 3126–3133 (2018).

CAS Статья Google ученый

104.

Исаакс, Дж. С., Сюй, В. и Некерс, Л. Белок теплового шока 90 как молекулярная мишень для лечения рака. Cancer Cell 3 , 213–217 (2003).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

105.

Шопф, Ф. Х., Библ, М. М. и Бюхнер, Дж. Механизм сопровождения HSP90. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 18 , 345–360 (2017).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

106.

Ли, Дж., Сорока, Дж. И Бюхнер, Дж. Механизм шаперона Hsp90: конформационная динамика и регуляция с помощью ко-шаперонов. Биохим. Биофиз. Acta 1823 , 624–635 (2012).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

107.

Chen, X. et al. DCZ3112, новый ингибитор Hsp90, проявляет сильную противоопухолевую активность против HER2-положительного рака молочной железы за счет нарушения взаимодействия Hsp90-Cdc37. Cancer Lett. 434 , 70–80 (2018).

CAS PubMed Статья Google ученый

108.

Портер, Дж. Р., Фриц, К. С. и Депью, К. М. Открытие и разработка ингибиторов Hsp90: многообещающий путь для лечения рака. Curr. Opin. Chem. Биол. 14 , 412–420 (2010).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

109.

Некерс, Л. и Воркман, П. Ингибиторы молекулярных шаперонов Hsp90: мы еще на месте? Clin. Cancer Res. 18 , 64–76 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

110.

Taipale, M. et al. Количественный анализ взаимодействий HSP90-клиента раскрывает принципы распознавания субстрата. Cell 150 , 987–1001 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

111.

Патель, Х. Дж., Моди, С., Хиоз, Г. и Талдон, Т. Достижения в открытии и разработке ингибиторов белка теплового шока 90 для лечения рака. Мнение эксперта. Drug Discov. 6 , 559–587 (2011).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

112.

Вандингер, С. К., Рихтер, К. и Бюхнер, Дж. Механизм сопровождения Hsp90. J. Biol. Chem. 283 , 18473–18477 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

113.

Hainzl, O., Lapina, M. C., Buchner, J. & Richter, K. Заряженная линкерная область является важным регулятором функции Hsp90. J. Biol. Chem. 284 , 22559–22567 (2009).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

114.

Перл, Л.Х. и Продромоу, С. Структура и механизм механизма молекулярного шаперона Hsp90. Annu. Rev. Biochem. 75 , 271–294 (2006).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

115.

Гарг, Г., Ханделвал, А. и Благг, Б. С. Противораковые ингибиторы функции Hsp90: за пределами обычных подозреваемых. Adv. Cancer Res. 129 , 51–88 (2016).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

116.

Rajan, A. et al. Исследование фазы I PF-04

3 (SNX-5422), перорального биодоступного ингибитора белка теплового шока 90, у пациентов с рефрактерными злокачественными опухолями и лимфомами. Clin. Cancer Res. 17 , 6831–6839 (2011).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

117.

Солит, Д. Б. и Хиоз, Г. Разработка и применение ингибиторов Hsp90. Drug Discov.Сегодня 13 , 38–43 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

118.

Перл, Л. Х., Продромоу, К. и Воркман, П. Молекулярный шаперон Hsp90: открытый и закрытый вариант для лечения. Biochem. J. 410 , 439–453 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

119.

Грей, П. Дж., Принс, Т., Ченг, Дж., Стивенсон, М. А. и Колдервуд, С. К. Нацеливание на онкоген и шаперон кинома CDC37. Nat. Rev. Cancer 8 , 491–495 (2008).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

120.

Roe, S. M. et al. Механизм регуляции Hsp90 специфическим протеинкиназным кочапероном p50cdc37. Cell 116 , 87–98 (2004).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

121.

Sreeramulu, S. et al. Комплекс Cdc37.Hsp90 человека изучен методом гетероядерной ЯМР-спектроскопии. J. Biol. Chem. 284 , 3885–3896 (2009).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

122.

Данг, К. В. MYC на пути к раку. Cell 149 , 22–35 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

123.

Кресс Т. Р., Сабо А. и Амати Б. MYC: подключение селективного контроля транскрипции к глобальному производству РНК. Nat. Ред. Рак 15 , 593–607 (2015).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

124.

Sabo, A. et al. Селективная регуляция транскрипции с помощью Myc в контроле клеточного роста и лимфомагенезе. Природа 511 , 488–492 (2014).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

125.

Миллер, Д. М., Томас, С. Д., Ислам, А., Мюнч, Д. и Седорис, К. c-Myc и метаболизм рака. Clin. Cancer Res. 18 , 5546–5553 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

126.

Наир, С. К. и Берли, С. К. Рентгеновские структуры Myc-Max и Mad-Max, распознающие ДНК: молекулярные основы регуляции протоонкогенных факторов транскрипции. Cell 112 , 193–205 (2003).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

127.

Фоллис, А. В., Хаммудех, Д. И., Ван, Х., Проховник, Э. В. и Металло, С. Дж. Структурное обоснование связанного связывания и разворачивания онкопротеина c-Myc небольшими молекулами. Chem. Биол. 15 , 1149–1155 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

128.

Hammoudeh, D. I., Follis, A. V., Prochownik, E. V., Metallo, S.J. Множественные независимые сайты связывания для низкомолекулярных ингибиторов онкопротеина c-Myc. J. Am. Chem. Soc. 131 , 7390–7401 (2009).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

129.

Castell, A. et al. Селективное соединение, связывающее MYC с высоким сродством, ингибирует взаимодействие MYC: MAX и MYC-зависимую пролиферацию опухолевых клеток. Sci. Отчет 8 , 10064–10081 (2018).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

130.

Chauhan, J. et al. Открытие метил-4′-метил-5- (7-нитробензо [c] [1,2,5] оксадиазол-4-ил) — [1,1′-бифенил] -3-карбоксилата, улучшенного низкомолекулярного ингибитора. димеризации c-Myc-max. Chem. Med. Chem. 9 , 2274–2285 (2014).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

131.

Wang, H. et al. Нарушение гетеродимеризации Myc-Max улучшенными, проникающими в клетки аналогами небольшой молекулы 10074-G5. Oncotarget 4 , 936–947 (2013).

PubMed PubMed Central Статья Google ученый

132.

Пылаева-Гупта Ю., Грабочка Э., Бар-Саги Д. Онкогены РАН: плетение канцерогенной сети. Nat. Rev. Cancer 11 , 761–774 (2011).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

133.

Кокс, А. Д., Фесик, С. В., Киммельман, А. К., Луо, Дж. И Дер, К. Дж. Наркотики не поддаются действию РАС: миссия возможна? Nat. Rev. Drug Discov. 13 , 828–851 (2014).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

134.

Kang, H. M. et al. Ингибирующая активность диарилгептаноидов в отношении фарнезилпротеинтрансферазы. Nat. Prod. Res. 18 , 295–299 (2004).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

135.

Schmick, M. et al. KRas локализуется на плазматической мембране посредством пространственных циклов солюбилизации, захвата и везикулярного транспорта. Ячейка 157 , 459–471 (2014).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

136.

Chandra, A. et al. GDI-подобный солюбилизирующий фактор PDEdelta поддерживает пространственную организацию и передачу сигналов белков семейства Ras. Nat. Cell Biol. 14 , 148–158 (2011).

PubMed Статья CAS PubMed Central Google ученый

137.

Zimmermann, G. et al. Низкомолекулярное ингибирование взаимодействия KRAS-PDEdelta нарушает онкогенную передачу сигналов KRAS. Природа 497 , 638–642 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

138.

Zhang, H. et al. Делеция PrBP / delta препятствует транспорту каталитических субъединиц GRK1 и PDE6 к внешним сегментам фоторецепторов. Proc. Natl Acad. Sci. США 104 , 8857–8862 (2007).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

139.

Johnson, L. et al. K-ras является важным геном у мышей с частичным функциональным перекрытием с N-ras. Genes Dev. 11 , 2468–2481 (1997).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

140.

Кокс, А. Д., Дер, К. Дж. И Филипс, М.R. Нацеливание на мембранную ассоциацию с РАС: назад в будущее для открытия лекарств против РАС? Clin. Cancer Res. 21 , 1819–1827 (2015).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

141.

Jiang, Y. et al. Открытие новых ингибиторов KRAS-PDEdelta, вдохновленное структурной биологией. J. Med. Chem. 60 , 9400–9406 (2017).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

142.

Kim, J. et al. Полиимидные аэрогелевые композитные пленки с низкой диэлектрической проницаемостью и низким водопоглощением. Полим. J. 48 , 829–834 (2016).

CAS Статья Google ученый

143.

Zimmermann, G. et al. Дизайн и кинетический анализ сильнодействующих бензимидазольных ингибиторов, нацеленных на сайт связывания пренила PDEdelta, под контролем структуры. J. Med. Chem. 57 , 5435–5448 (2014).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

144.

Murarka, S. et al. Развитие хемотипов пиридазинона, нацеленных на сайт связывания пренила PDEdelta. Химия 23 , 6083–6093 (2017).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

145.

Мартин-Гаго, П., Фанса, Э. К., Виттинггофер, А. и Вальдманн, Х. Разработка ингибиторов PDEdelta на основе структуры. Biol. Chem. 398 , 535–545 (2017).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

146.

Martin-Gago, P. et al. Хемотип ингибитора PDE6delta-KRas с семью H-связями и пикомолярным сродством, который предотвращает эффективное высвобождение ингибитора Arl2. Angew. Chem. Int. Эд. 56 , 2423–2428 (2017).

CAS Статья Google ученый

147.

Chen, L., Zhuang, C., Lu, J., Jiang, Y. & Sheng, C. Открытие новых ингибиторов KRAS-PDEdelta путем создания лекарств на основе фрагментов. J. Med Chem. 61 , 2604–2610 (2018).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

148.

Чен, Л. и Флис, Д. Б. Молекулярные механизмы костимуляции и ко-ингибирования Т-клеток. Nat. Rev. Immunol. 13 , 227–242 (2013).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

149.

Ван Кутен, С. Регуляция иммунитета посредством взаимодействий CD40-CD40-L — 2 обновление 2000 г.. Фронт. Biosci. 5 , 880–893 (2000).

Артикул Google ученый

150.

O’Sullivan, B. & Thomas, R. Последние достижения в области роли CD40 и дендритных клеток в иммунитете и толерантности. Curr. Opin. Гематол. 10 , 272–278 (2003).

PubMed Статья PubMed Central Google ученый

151.

Миабед, М. Х., Таха, Г. М., Мохамед, С. О. и Эль-Хадиди, К. С. Аутоиммунная тромбоцитопения: проточно-цитометрическое определение ассоциированных с тромбоцитами CD154 / CD40L и CD40 на Т- и В-лимфоцитах периферической крови. Гематология 12 , 301–307 (2007).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

152.

Elgueta, R. et al. Молекулярный механизм и функция взаимодействия CD40 / CD40L в иммунной системе. Immunol. Ред. 229 , 152–172 (2009).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

153.

Wagner, D. H. et al. Экспрессия CD40 идентифицирует уникальную патогенную популяцию Т-клеток при диабете 1 типа. Proc. Natl Acad. Sci. США 99 , 3782–3787 (2002).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

154.

Памукку Б., Лип Г. Ю., Снежицкий В. и Шанцила Е. Система CD40-CD40L при сердечно-сосудистых заболеваниях. Ann. Мед 43 , 331–340 (2011).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

155.

Сенхаджи, Н., Коджок, К., Дариф, Ю., Фадаиния, С. и Заид, Ю. Вклад оси CD40 / CD40L в воспалительное заболевание кишечника: обновленная информация. Фронт. Иммунол. 6 , 529 (2015).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

156.

Крофт М., Бенедикт К. А. и Уэр К. Ф. Клиническое нацеливание на суперсемейства TNF и TNFR. Nat. Rev. Drug Discov. 12 , 147–168 (2013).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

157.

Oflazoglu, E. et al. Макрофаги и взаимодействия с Fc-рецептором вносят вклад в противоопухолевую активность антитела SGN-40 к CD40. руб. J. Cancer 100 , 113–117 (2009).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

158.

Каваи Т., Эндрюс Д., Колвин Р. Б., Сакс Д. Х. и Козими А. Б. Тромбоэмболические осложнения после лечения моноклональными антителами против лиганда CD40. Nat. Med. 6 , 114 (2000).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

159.

Boumpas, D. T. et al. Короткий курс BG9588 (антитела к лиганду CD40) улучшает серологическую активность и снижает гематурию у пациентов с пролиферативным волчаночным гломерулонефритом. Arthritis Rheum. 48 , 719–727 (2003).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

160.

Schulze-Neick, I. et al. Сердечная недостаточность в терминальной стадии с легочной гипертензией: левосимендан для оценки только трансплантации сердца по сравнению с комбинированной трансплантацией сердце-легкие. Трансплантация 78 , 1237–1238 (2004).

PubMed Статья PubMed Central Google ученый

161.

Мирабет М., Баррабес Дж. А., Кирога А. и Гарсия-Дорадо Д. Проагрегаторные эффекты тромбоцитов моноклонального антитела CD40L. Мол. Иммунол. 45 , 937–944 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

162.

Марголлес-Кларк, Э., Умланд, О., Кеньон, Н. С., Рикорди, С. и Бухвальд, П. Низкомолекулярная костимулирующая блокада: органические красители-ингибиторы взаимодействия CD40-CD154. J. Mol. Med. 87 , 1133–1143 (2009).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

163.

Margolles-Clark, E., Kenyon, N. S., Ricordi, C. & Buchwald, P. Эффективное и специфическое ингибирование костимулирующего взаимодействия CD40-CD154 производным нафталинсульфоновой кислоты. Chem. Биол. Drug Des. 76 , 305–313 (2010).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

164.

Chen, J. et al. Маломолекулярные ингибиторы костимулирующего белок-белкового взаимодействия CD40-CD40L. J. Med Chem. 60 , 8906–8922 (2017).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

165.

Фрескас Д. и Пагано М. Дерегулированный протеолиз с помощью белков F-бокса SKP2 и бета-TrCP: склонность к раку. Nat. Rev. Cancer 8 , 438–449 (2008).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

166.

Скаар, Дж. Р., Паган, Дж. К. и Пагано, М. Механизмы и функция рекрутирования субстрата белками F-бокса. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 14 , 369–381 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

167.

Chaugule, V. K. & Walden, H. Специфичность и заболевание в системе убиквитина. Biochem. Soc. Пер. 44 , 212–227 (2016).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

168.

Хео, Дж., Эки, Р. и Аббас, Т. Нарушение регуляции белков F-бокса и его последствия для развития, прогрессирования и метастазирования рака. Семин. Cancer Biol. 36 , 33–51 (2016).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

169.

Скаар, Дж. Р., Паган, Дж. К. и Пагано, М. Терапия, направленная на убиквитинлигазу SCF. Nat. Rev. Drug Discov. 13 , 889–903 (2014).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

170.

Z, H. E3 убиквитинлигаза Skp2 как привлекательная мишень в терапии рака. Фронт. Biosci. 20 , 474–490 (2015).

Артикул Google ученый

171.

Хершко, Д. Д. Онкогенные свойства и прогностическое значение убиквитинлигазы Skp2 при раке. Рак 112 , 1415–1424 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

172.

Zheng, N. et al. Структура убиквитинлигазного комплекса Cul1 – Rbx1 – Skp1 – F boxSkp2 SCF SCF. Природа 416 , 703–709 (2002).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

173.

Chan, C.H. et al. Фармакологическая инактивация убиквитинлигазы Skp2 SCF ограничивает признаки раковых стволовых клеток и прогрессирование рака. Cell 154 , 556–568 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

174.

Ткачев В. О., Меньщикова Е. Б., Зенков Н. К. Механизм сигнальной системы Nrf2 / Keap1 / ARE. Биохимия 76 , 407–422 (2011).

CAS PubMed PubMed Central Google ученый

175.

Чжан, Д. Д. Механистические исследования сигнального пути Nrf2-Keap1. Drug Metab. Ред. 38 , 769–789 (2006).

CAS PubMed Статья Google ученый

176.

Padmanabhan, B. et al. Структурная основа дефектов активности Keap1, спровоцированных его точечными мутациями при раке легкого. Мол. Ячейка 21 , 689–700 (2006).

CAS PubMed Статья Google ученый

177.

Hong, F., Sekhar, K. R., Freeman, M. L. и Liebler, D. C. Специфические паттерны электрофильной аддукции запускают убиквитинирование Keap1 и активацию Nrf2. J. Biol. Chem. 280 , 31768–31775 (2005).

CAS PubMed Статья Google ученый

178.

Чжан, Д. Д. Путь передачи сигналов Nrf2-Keap1-ARE: регуляция и двойная функция Nrf2 при раке. Антиоксид. Редокс-сигнал. 13 , 1623–1626 (2010).

CAS PubMed Статья Google ученый

179.

Магеш, С., Чен, Ю. и Ху, Л. Низкомолекулярные модуляторы пути Keap1-Nrf2-ARE в качестве потенциальных профилактических и терапевтических агентов. Med. Res. Ред. 32 , 687–726 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

180.

Lo, S.C., Li, X., Henzl, M.T., Beamer, L.J. и Hannink, M. Структура интерфейса Keap1: Nrf2 обеспечивает понимание механизма передачи сигналов Nrf2. EMBO J. 25 , 3605–3617 (2006).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

181.

Hancock, R. et al. Пептидные ингибиторы белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2. Свободный Радич. Биол. Med. 52 , 444–451 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

182.

Hancock, R., Schaap, M., Pfister, H. & Wells, G. Пептидные ингибиторы белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2 с улучшенным связыванием и клеточной активностью. Org. Biomol. Chem. 11 , 3553–3557 (2013).

CAS PubMed Статья Google ученый

183.

Wells, G. Пептиды и низкомолекулярные ингибиторы белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2. Biochem. Soc. Пер. 43 , 674–679 (2015).

CAS PubMed Статья Google ученый

184.

Георгакопулос, Н. Д., Талапатра, С. К., Гатлифф, Дж., Козельски, Ф. и Уэллс, Г.Модифицированные пептидные ингибиторы белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2, включающие неприродные аминокислоты. ChemBioChem 19 , 1810–1816 (2018).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

185.

Hu, L. et al. Открытие низкомолекулярного ингибитора и клеточного зонда белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2. Bioorg. Med Chem. Lett. 23 , 3039–3043 (2013).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

186.

Inoyama, D. et al. Оптимизация флуоресцентно меченных пептидных зондов Nrf2 и разработка анализа поляризации флуоресценции для открытия ингибиторов взаимодействия Keap1-Nrf2. J. Biomol. Экран 17 , 435–447 (2012).

CAS PubMed Статья Google ученый

187.

Steel, R., Cowan, J., Payerne, E., O’Connell, M. A., Searcey, M. Противовоспалительный эффект проникающего в клетки пептида, нацеленного на взаимодействие Nrf2 / Keap1. ACS Med. Chem. Lett. 3 , 407–410 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

188.

Jiang, C. S. et al. Идентификация нового низкомолекулярного ингибитора ИПП Keap1-Nrf2 с цитопротекторным действием на кардиомиопатию, индуцированную ЛПС. J. Enzym. Ингибировать. Med. Chem. 33 , 833–841 (2018).

CAS Статья Google ученый

189.

Davies, T. G. et al. Одноосновные ингибиторы Kelch-подобного ECH-ассоциированного белка 1: ядерный фактор, связанный с эритроидом 2, фактор 2 (KEAP1: NRF2) белок-белковое взаимодействие с высокой клеточной активностью, идентифицированной с помощью обнаружения на основе фрагментов. J. Med. Chem. 59 , 3991–4006 (2016).

CAS PubMed Статья Google ученый

190.

Jiang, Z. Y. et al. Открытие мощного ингибитора белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2 на основе анализа детерминант молекулярного связывания. J. Med. Chem. 57 , 2736–2745 (2014).

CAS PubMed Статья Google ученый

191.

Jiang, Z. Y. et al. Структура-активность и взаимосвязь структура-свойство и исследовательская оценка in vivo наномолярного ингибитора белок-белкового взаимодействия Keap1-Nrf2. J. Med. Chem. 58 , 6410–6421 (2015).

CAS PubMed Статья Google ученый

192.

Zhuang, C., Narayanapillai, S., Zhang, W., Sham, YY & Xing, C. Быстрая идентификация низкомолекулярных ингибиторов Keap1 – Nrf2 посредством виртуального скрининга на основе структуры и субструктуры на основе совпадений поиск. J. Med. Chem. 57 , 1121–1126 (2014).

CAS PubMed Статья Google ученый

193.

Bertrand, H.C. et al. Дизайн, синтез и оценка производных триазола, которые индуцируют Nrf2-зависимые генные продукты и ингибируют белок-белковое взаимодействие Keap1-Nrf2. J. Med. Chem. 58 , 7186–7194 (2015).

CAS PubMed Статья Google ученый

194.

Sun, H. P. et al. Новый ингибитор межбелкового взаимодействия Nrf2-Keap1 обнаружен с помощью виртуального скрининга на основе структуры. Med. Chem. Commun. 5 , 93–98 (2014).

CAS Статья Google ученый

195.

Marcotte, D. et al. Небольшие молекулы ингибируют взаимодействие Nrf2 и Kelch-домена Keap1 посредством нековалентного механизма. Bioorg. Med. Chem. 21 , 4011–4019 (2013).

CAS PubMed Статья Google ученый

196.

Дермани, Ф. К., Самади, П., Рахмани, Г., Кохлан, А. К. и Наджафи, Р. Иммунная контрольная точка PD-1 / PD-L1: потенциальная цель для лечения рака. J. Cell Physiol. 234 , 1313–1325 (2019).

CAS PubMed Статья Google ученый

197.

Пардолл Д. М. Блокада иммунных контрольных точек в иммунотерапии рака. Nat. Rev. Cancer 12 , 252–264 (2012).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

198.

Socinski, M.A. et al. Атезолизумаб для лечения первой линии метастатического неплоскоклеточного НМРЛ. N. Engl. J. Med. 378 , 2288–2301 (2018).

CAS PubMed Статья Google ученый

199.

Antonia, S.J. et al. Дурвалумаб после химиолучевой терапии при немелкоклеточном раке легкого III стадии. N. Engl. J. Med. 377 , 1919–1929 (2017).

CAS PubMed Статья Google ученый

200.

Гарон, Э. Б. и др. Пембролизумаб для лечения немелкоклеточного рака легкого. N. Engl. J. Med. 372 , 2018–2028 (2015).

PubMed Статья Google ученый

201.

Ferris, R. L. et al. Ниволумаб при рецидивирующем плоскоклеточном раке головы и шеи. N. Engl. J. Med. 375 , 1856–1867 (2016).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

202.

Dirix, L.Y. et al. Авелумаб, антитело против PD-L1, у пациентов с местнораспространенным или метастатическим раком груди: исследование твердых опухолей JAVELIN фазы 1b. Breast Cancer Res. Относиться. 167 , 671–686 (2018).

CAS PubMed Статья Google ученый

203.

Mullard, A. Разрешения на лекарства FDA, 2014 г. Nat. Rev. Drug Discov. 14 , 77–81 (2015).

CAS PubMed Статья Google ученый

204.

Naidoo, J. et al. Токсичность антител иммунной контрольной точки против PD-1 и против PD-L1. Ann. Онкол. 26 , 2375–2391 (2015).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

205.

Hwang, S.J. et al. Буллезный пемфигоид, аутоантитело-опосредованное заболевание, представляет собой новое связанное с иммунитетом нежелательное явление у пациентов, получавших антитела против запрограммированной гибели клеток 1. Melanoma Res. 26 , 413–416 (2016).

CAS PubMed Статья Google ученый

206.

Влиге П., Лисовски В., Мартинес Дж. И Хрестчатский М. Синтетические терапевтические пептиды: наука и рынок. Drug Discov. Сегодня 15 , 40–56 (2010).

CAS PubMed Статья Google ученый

207.

Chang, H. N. et al.Блокирование взаимодействия PD-1 / PD-L1 антагонистом D-пептида для иммунотерапии рака. Angew. Chem. 54 , 11926–11930 (2015).

Артикул Google ученый

208.

Sasikumar, P. G. N. et al. Соединения, модулирующие иммуносупрессию. WO2011161699 (2011).

209.

Zak, K. M. et al. Структура комплекса программируемой смерти человека 1, PD-1 и его лиганда PD-L1. Структура 23 , 2341–2348 (2015).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

210.

Chupak, L. S. & Zheng, X. Соединения, полезные в качестве иммуномодуляторов. WO2015034820A1 (2015).

211.

Чупак С. и др. Получение замещенных 2,4-дигидроксибензиламинов в качестве иммуномодуляторов. WO2015160641A2 (2015).

212.

Yeung, K.-S. и другие. Соединения, используемые в качестве иммуномодуляторов. WO2017066227 (2017).

213.

Yeung, K.-S. и другие. Соединения, используемые в качестве иммуномодуляторов. Патент США WO2018044963A1 (2018).

214.

Aitken, A. 14-3-3 белки: исторический обзор. Семин. Cancer Biol. 16 , 162–172 (2006).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

215.

Фу, Х., Субраманиан, Р. Р. и Мастерс, С. С. 14-3-3 Белки: структура, функция и регуляция. Annu Rev.Pharm. Toxicol. 40 , 617–647 (2000).

CAS Статья Google ученый

216.

Оттманн, К. Низкомолекулярные модуляторы 14-3-3 белок-белковых взаимодействий. Bioorg. Med Chem. 21 , 4058–4062 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

217.

Xiaowen, Y. et al. Структурная основа белок-белковых взаимодействий в семействе белков 14-3-3. Proc. Natl Acad. Sci. США 103 , 17237–17242 (2006).

Артикул CAS Google ученый

218.

Hermeking, H. & Benzinger, A. 14-3-3 белки в регуляции клеточного цикла. Семин. Cancer Biol. 16 , 183–192 (2006).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

219.

Берг, Д., Holzmann, C. & Riess, О. 14-3-3 белков в нервной системе. Nat. Rev. Neurosci. 4 , 752–762 (2003).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

220.

Ottmann, C. et al. Независимое от фосфорилирования взаимодействие между 14-3-3 и экзоферментом S: от структуры к патогенезу. EMBO J. 26 , 902–913 (2007).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

221.

Кау Ю., Валенсин Д., Мори М., Драги С. и Ботта М. Структура, функция, участие в заболеваниях и нацеливание белков 14-3-3: обновленная информация. Curr. Med. Chem. 25 , 5–21 (2018).

CAS Статья Google ученый

222.

Hawech, P. 14-3-3 белки — обновленная информация. Cell Res. 15 , 228–236 (2005).

Артикул Google ученый

223.

Ottmann, C. et al. Структура 14-3-3 координированного гексамера Н + -АТФазы плазматической мембраны растений путем сочетания рентгеновской кристаллографии и электронной криомикроскопии. Мол. Клетка. 25 , 427–440 (2007).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

224.

Richter, A., Rose, R., Hedberg, C., Waldmann, H. & Ottmann, C. Оптимизированный низкомолекулярный стабилизатор белок-белкового взаимодействия 14-3-3-PMA2. Chem. Евро. J. 18 , 6520–6527 (2012).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

225.

Седагхат, Ф. и Нотопулос, А. Семейство белков S100 и его применение в клинической практике. Hippokratia 12 , 198–204 (2008).

CAS PubMed PubMed Central Google ученый

226.

Marenholz, I., Lovering, R.C. & Heizmann, C.W. Обновление номенклатуры S100. Biochim Biophys. Acta 1763 , 1282–1283 (2006).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

227.

Кубераппа П. Х., Багалад Б. С., Анантанени А., Киресур М. А. и Шринивас Г. В. Определенность S100 от физиологии к патологии. J. Clin. Диаг. Res. 10 , ZE10 – ZE15 (2016).

CAS PubMed PubMed Central Google ученый

228.

Малашкевич В.Н. и др. Структура Са2 + -связанного S100A4 и его взаимодействие с пептидами, полученными из немышечного миозина-IIA. Биохимия 47 , 5111–5126 (2008).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

229.

Donato, R. et al. Функции белков S100. Curr. Мол. Med. 13 , 24–57 (2013).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

230.

Шнайдер М., Хансен, Дж. Л. и Шейх, С. П. S100A4: общий медиатор эпителиально-мезенхимального перехода, фиброза и регенерации при заболеваниях? J. Mol. Chem. 86 , 507–522 (2008).

CAS Google ученый

231.

Григорян М., Амбарцумян Н. и Луканидин Е. Метастазирующий белок S100A4: участие в незлокачественных патологиях человека. Curr. Мол. Med. 8 , 492–496 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

232.

Garrett, S.C. et al. Биосенсор активации фактора метастазирования S100A4: скрининг ингибиторов и динамика клеточной активации. Биохимия 47 , 986–996 (2008).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

233.

Портела А. и Дигард П. Нуклеопротеин вируса гриппа: многофункциональный РНК-связывающий белок, имеющий ключевое значение для репликации вируса. J. Gen. Virol. 83 , 723–734 (2002).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

234.

Геррица, С.W. et al. Подавление репликации вируса гриппа с помощью небольших молекул, которые индуцируют образование олигомеров нуклеопротеинов более высокого порядка. Proc. Natl Acad. Sci. США 108 , 15366–15371 (2011).

Артикул Google ученый

235.

Паркер А. Л., Кавалларис М. и МакКэрролл Дж. А. Микротрубочки и их роль в клеточном стрессе при раке. Фронт. Онкол. 4 , 153–172 (2014).

PubMed PubMed Central Статья Google ученый

236.

Джордан, М. А. и Уилсон, Л. Микротрубочки как мишень для противоопухолевых препаратов. Nat. Rev. Cancer 4 , 253–265 (2004).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

237.

Алвес, Р. К., Фернандес, Р. П., Элой, Дж. О., Сальгадо, Х. Р. Н. и Чорилли, М.Характеристики, свойства и аналитические методы паклитаксела: обзор. Crit. Rev. Anal. Chem. 48 , 110–118 (2018).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

238.

Алушин Г.М. и др. Структуры микротрубочек с высоким разрешением выявляют структурные переходы в алфавите-тубулин при гидролизе GTP. Cell 157 , 1117–1129 (2014).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

239.

Филд, J. J. et al. Стабилизирующая микротрубочка активность зампанолида, мощного макролида, выделенного из тонганской морской губки Cacospongia mycofijiensis . J. Med. Chem. 52 , 7328–7332 (2009).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

240.

Prota, A. E. et al. Молекулярный механизм действия противораковых агентов, стабилизирующих микротрубочки. Наука 339 , 587–590 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

241.

Field, J. J. et al. Зампанолид, агент, стабилизирующий микротрубочки, активен в устойчивых раковых клетках и подавляет миграцию клеток. Внутр. J. Mol. Sci. 18 , 971–989 (2017).

PubMed Central Статья CAS Google ученый

242.

Brown, J. & Horrocks, M.H. Сложная ситуация: отклоняющиеся от нормы белок-белковые взаимодействия при болезни Паркинсона. Семин. Cell Dev. Биол . 99 , 65–77 (2018).

PubMed Статья CAS PubMed Central Google ученый

243.

Ballatore, C. et al. Модуляция белок-белковых взаимодействий как терапевтическая стратегия лечения нейродегенеративных таупатий. Curr. Верхний. Med. Chem. 11 , 317–330 (2011).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

244.

Philippe, G. et al. Разработка препарата на основе проникающих в клетки пептидов приводит к ингибированию взаимодействий MDMX: p53 и MDM2: p53. Биополимеры 106 , 853–863 (2016).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

245.

Lehmann, C., Friess, T., Birzele, F., Kiialainen, A. & Dangl, M. Превосходная противоопухолевая активность антагониста MDM2 идасанутлина и ингибитора Bcl-2 venetoclax в моделях острого миелоидного лейкоза p53 дикого типа. J. Hematol. Онкол. 9 , 50 (2016).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

246.

Sun, D. et al. Открытие AMG 232, мощного, селективного и перорального биодоступного ингибитора MDM2 – p53 в клинической разработке. J. Med. Chem. 57 , 1454–1472 (2014).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

247.

Holzer, P. et al. Открытие производного дигидроизохинолинона (NVP-CGM097): высокоэффективного и селективного ингибитора MDM2, проходящего фазу 1 клинических испытаний на опухолях p53wt. J. Med. Chem. 58 , 6348–6358 (2015).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

248.

Виктор А. и др. Реактивация передачи сигналов TP53 новым ингибитором MDM2 DS-3032b в качестве терапевтического варианта лечения нейробластомы высокого риска. Oncotarget 9 , 2304–2319 (2017).

Google ученый

249.

De Weger, V. et al. Первое на людях (FIH) исследование безопасности и фармакологического исследования SAR405838, нового антагониста HDM2, у пациентов с солидными злокачественными новообразованиями. евро. J. Cancer 50 , 121–122 (2014).

Артикул Google ученый

250.

Корицка-Воловец, А., Воловец, Д., Кубяк-Млонка, А. и Робак, Т. Venetoclax в лечении хронического лимфолейкоза. Мнение эксперта. Drug Metab. Toxicol. 15 , 353–366 (2019).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

251.

West, A.C. et al. Миметик SMAC, LCL-161, снижает выживаемость при агрессивной MYC-управляемой лимфоме, одновременно повышая чувствительность к эндотоксическому шоку. Онкогенез 5 , e216 (2016).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

252.

Benetatos, C.A. et al. Биринапант (TL32711), двухвалентный миметик SMAC, нацелен на TRAF2-ассоциированные cIAP, отменяет TNF-индуцированную активацию NF-kappaB и активен в моделях ксенотрансплантатов, полученных от пациентов. Мол. Лечение рака. 13 , 867–879 (2014).

CAS Статья Google ученый

253.

Ward, G.A. et al. ASTX660, новый непептидомиметический антагонист cIAP1 / 2 и XIAP, сильно индуцирует TNF-альфа-зависимый апоптоз в линиях раковых клеток и подавляет рост опухоли. Мол. Лечение рака. 17 , 1381–1391 (2018).

CAS Статья Google ученый

254.

Wong, H. et al. Изучение и подтверждение с помощью доклинических исследований: моделирование и моделирование открытия GDC-0917, ингибитора антагониста белков апоптоза. Drug Metab. Dispos. 41 , 2104–2113 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

255.

Musielak, B. et al. CA-170 — мощный низкомолекулярный ингибитор PD-L1 или нет? Молекулы 24 , 2804 (2019).

PubMed Central Статья Google ученый

256.

Dorr, P. et al.Маравирок (UK-427,857), мощный, перорально биодоступный и селективный низкомолекулярный ингибитор хемокинового рецептора CCR5 с широким спектром активности против вируса иммунодефицита человека типа 1. Антимикробный. Агенты Chemother. 49 , 4721–4732 (2005).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

257.

Perez, V. L., Pflugfelder, S. C., Zhang, S., Shojaei, A. & Haque, R. Lifitegrast, новый антагонист интегрина для лечения болезни сухого глаза. Ocul. Серфинг. 14 , 207–215 (2016).

PubMed Статья PubMed Central Google ученый

258.

Kimura, K. et al. Безопасность, переносимость и предварительная эффективность антифиброзной небольшой молекулы PRI-724, ингибитора CBP / бета-катенина, у пациентов с циррозом, связанным с вирусом гепатита С: одноцентровое открытое исследование фазы 1 с повышением дозы . EBioMedicine 23 , 79–87 (2017).

PubMed PubMed Central Статья Google ученый

259.

Bailey, D. et al. RVX-208: небольшая молекула, повышающая уровень аполипопротеина A-I и холестерина липопротеинов высокой плотности in vitro и in vivo. J. Am. Coll. Кардиол. 55 , 2580–2589 (2010).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

260.

Mirguet, O. et al. Открытие эпигенетического регулятора I-BET762: оптимизация для получения клинического кандидата в ингибиторы бромодоменов BET. J. Med. Chem. 56 , 7501–7515 (2013).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

261.

Carvajal, L.A. et al. Двойное ингибирование MDMX и MDM2 как терапевтическая стратегия при лейкемии. Sci. Пер. Med. 10 , eaao3003 (2018).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

262.

Kumar, M. S. A. et al. Фармакокинетика и профиль безопасности блеселумаба (ASKP1240) у пациентов с бляшечным псориазом от умеренной до тяжелой: результаты рандомизированного, двойного слепого, плацебо-контролируемого, последовательного исследования с многократным увеличением дозы. Clin. Терапия. 39 , e68 (2017).

Артикул Google ученый

263.

Byrd, J.C. et al. Фаза I исследования гуманизированного моноклонального антитела против CD40 люкатумумаба (HCD122) при рецидиве хронического лимфоцитарного лейкоза. лейк. Лимфома 53 , 2136–2142 (2012).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

264.

Lapalombella, R. et al. Гуманизированное антитело к CD40 SGN-40 демонстрирует доклиническую активность, которая усиливается леналидомидом при хроническом лимфолейкозе. руб. J. Haematol. 144 , 848–855 (2009).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

265.

Albach, F. N. et al. Безопасность, фармакокинетика и фармакодинамика однократных возрастающих доз BI 655064, антагонистического анти-CD40-антитела у здоровых субъектов: потенциальное новое лечение аутоиммунных заболеваний. евро. J. Clin. Pharmacol. 74 , 161–169 (2018).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

266.

Ye, S. et al. Биспецифическая молекула, нацеленная на CD40 и опухолевый антиген мезотелин, усиливает опухолеспецифичность. Immun. Cancer Immunol. Res. 7 , 1864–1875 (2019).

CAS Статья Google ученый

267.

Argiriadi, M. A. et al. Комплексы CD40 / анти-CD40 антитело, которые иллюстрируют структурные переключатели агонистов и антагонистов. BMC Mol. Cell Biol. 20 , 29 (2019).

PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый

268.

Reck, M. et al. Пембролизумаб в сравнении с химиотерапией при PD-L1-положительном немелкоклеточном раке легкого. N. Engl. J. Med. 375 , 1823–1833 (2016).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

269.

Borghaei, H. et al. Ниволумаб в сравнении с доцетакселом при запущенном не плоскоклеточном немелкоклеточном раке легкого. N. Engl. J. Med. 373 , 1627–1639 (2015).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый

270.

Boyerinas, B. et al. Зависимая от антител клеточная цитотоксическая активность нового антитела против PD-L1 авелумаба (MSB0010718C) в отношении опухоли человека. Cells Cancer Immunol. Res. 3 , 1148–1157 (2015).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

271.

Xu, R. et al. Лечение рекомбинантным гуманизированным моноклональным антителом против PD-1 (JS001) для пациентов с рефрактерной или метастатической карциномой носоглотки: предварительные результаты открытого клинического исследования фазы 1b / 2. Ланцет Онкол. 18 , S1 (2017).

Артикул Google ученый

272.

Хой, С. М. Синтилимаб: первое глобальное одобрение. Наркотики 79 , 341–346 (2019).

CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый

273.

Zhang, T. et al. Реферат 2226: антитело BGB-A317 против PD-1 человека проявляет сильную активацию иммунных клеток. Cancer Res. 76 , 2226 (2016).

Google ученый

Обзор анализа белок-белкового взаимодействия | Thermo Fisher Scientific

Белки контролируют все биологические системы в клетке, и хотя многие белки выполняют свои функции независимо, подавляющее большинство белков взаимодействуют с другими для обеспечения надлежащей биологической активности.Характеристика белок-белковых взаимодействий с помощью таких методов, как коиммунопреципитация (ко-IP), анализ методом «pull-down», перекрестное связывание, перенос метки и дальневестерн-блот-анализ имеет решающее значение для понимания функции белка и биологии клетки.

Посмотреть все продукты для анализа взаимодействия белков

Введение в белок-белковые взаимодействия

Белки — это рабочие лошадки, которые способствуют большинству биологических процессов в клетке, включая экспрессию генов, рост клеток, пролиферацию, поглощение питательных веществ, морфологию, подвижность, межклеточную коммуникацию и апоптоз.Но клетки реагируют на множество стимулов, и поэтому экспрессия белка — это динамический процесс; белки, которые используются для выполнения определенных задач, не всегда могут быть экспрессированы или активированы. Кроме того, не все клетки равны, и многие белки экспрессируются в зависимости от типа клетки. Эти основные характеристики белков предполагают сложность, которую может быть трудно исследовать, особенно при попытке понять функцию белка в надлежащем биологическом контексте.

Критические аспекты, необходимые для понимания функции белка, включают:

Последовательность и структура белка — используется для обнаружения мотивов, которые предсказывают функцию белка
История эволюции и консервативные последовательности — определяет ключевые регуляторные остатки
Экспрессия профиль — выявляет специфичность клеточного типа и то, как регулируется экспрессия
Посттрансляционные модификации — фосфорилирование, ацилирование, гликозилирование и убиквитинирование предполагают локализацию, активацию и / или функцию
Взаимодействие с другими белками — функция может быть экстраполирована зная функцию партнеров по связыванию
Внутриклеточная локализация — может указывать на функцию белка

До конца 1990-х годов анализ функции белков в основном фокусировался на отдельных белках.Однако, поскольку большинство белков взаимодействуют с другими белками для правильного функционирования, их следует изучать в контексте их взаимодействующих партнеров, чтобы полностью понять их функцию. С публикацией генома человека и развитием области протеомики понимание того, как белки взаимодействуют друг с другом и идентификация биологических сетей, стало жизненно важным для понимания того, как белки функционируют в клетке.

Справочник по приготовлению белков

Узнайте больше о том, как обессоливать, заменять буфер, концентрировать и / или удалять загрязняющие вещества из образцов белка, иммунопреципитации и других методах очистки и очистки белка с помощью различных инструментов биологии белка Thermo Scientific в этом 32-страничном справочнике.

Иммунопреципитация (IP), co-IP и хроматин-IP
Теги очистки рекомбинантного белка
Безопасный диализ образцов белка с использованием диализных кассет и устройств Slide-A-Lyzer
Быстрое обессоливание образцов с высоким извлечением белка с помощью вращения Zeba колонки и планшеты для обессоливания
Эффективное извлечение определенных загрязняющих веществ с помощью смол, оптимизированных для удаления детергентов или эндотоксинов
Быстрое концентрирование разбавленных образцов белка с помощью концентраторов белка Pierce

Типы белок-белковых взаимодействий

Белковые взаимодействия в основном характеризуются как стабильные или временные, и оба типа взаимодействия могут быть сильными или слабыми.Стабильные взаимодействия связаны с белками, очищенными как мульти-субъединичные комплексы, и субъединицы этих комплексов могут быть идентичными или разными. Гемоглобин и ядерная РНК-полимераза являются примерами мульти-субъединичных взаимодействий, которые образуют стабильные комплексы.

Ожидается, что временные взаимодействия контролируют большинство клеточных процессов. Как следует из названия, временные взаимодействия носят временный характер и обычно требуют набора условий, которые способствуют взаимодействию, таких как фосфорилирование, конформационные изменения или локализация в дискретных областях клетки.Временные взаимодействия могут быть сильными или слабыми, быстрыми или медленными. Находясь в контакте со своими партнерами по связыванию, временно взаимодействующие белки участвуют в широком спектре клеточных процессов, включая модификацию белков, транспорт, фолдинг, передачу сигналов, апоптоз и клеточный цикл. Следующий пример представляет собой иллюстрацию белковых взаимодействий, которые регулируют апоптотические и антиапоптотические процессы.

Тяжелое белок-белковое взаимодействие BAD. Панель A: окрашенный кумасси гель SDS-PAGE рекомбинантного легкого и тяжелого BAD-GST-HA-6xHIS, очищенный из лизатов HeLa IVT (L) с использованием тандемного сродства глутатионовой смолы (E1) и кобальтовой смолы (E2).Указан расход (FT) из каждого столбца. Панель B: Схема фосфорилирования BAD и белковых взаимодействий во время выживания и гибели клеток (то есть апоптоза). Панель C: покрытие последовательности белка BAD, показывающее идентифицированные сайты консенсусного фосфорилирования Akt (красный прямоугольник). Панель D: МС-спектры меченного стабильным изотопом BAD пептида HSSYPAGTEDDEGmGEEPSPFr.

Белки связываются друг с другом посредством комбинации гидрофобных связей, сил Ван-дер-Ваальса и солевых мостиков в специфических доменах связывания каждого белка.Эти домены могут быть небольшими связывающими щелями или большими поверхностями и могут состоять всего из нескольких пептидов или состоять из сотен аминокислот. На силу связывания влияет размер связывающего домена. Одним из примеров общего поверхностного домена, который способствует стабильным межбелковым взаимодействиям, является лейциновая молния, которая состоит из α-спиралей на каждом белке, которые связываются друг с другом параллельным образом посредством гидрофобного связывания регулярно расположенных остатков лейцина на каждом α -спираль, которая выступает между соседними спиральными пептидными цепями.Из-за плотной молекулярной упаковки лейциновые молнии обеспечивают стабильное связывание для мультибелковых комплексов, хотя все лейциновые молнии не связываются одинаково из-за нелейциновых аминокислот в α-спирали, которые могут уменьшить молекулярную упаковку и, следовательно, силу взаимодействие.

Два домена гомологии Src (SH), Sh3 и Sh4, являются примерами общих временных связывающих доменов, которые связывают короткие пептидные последовательности и обычно обнаруживаются в сигнальных белках. Домен Sh3 распознает пептидные последовательности с фосфорилированными остатками тирозина, которые часто указывают на активацию белка.Домены Sh3 играют ключевую роль в передаче сигналов рецептора фактора роста, во время которой лиганд-опосредованное фосфорилирование рецептора по остаткам тирозина привлекает нижестоящие эффекторы, которые распознают эти остатки через их домены Sh3. Домен Sh4 обычно распознает богатые пролином пептидные последовательности и обычно используется киназами, фосфолипазами и GTPases для идентификации белков-мишеней. Хотя оба домена Sh3 и Sh4 обычно связываются с этими мотивами, специфичность для различных белковых взаимодействий диктуется соседними аминокислотными остатками в соответствующем мотиве.

Биологические эффекты белок-белковых взаимодействий

Результат двух или более белков, которые взаимодействуют с определенной функциональной целью, можно продемонстрировать несколькими различными способами. Измеримые эффекты белковых взаимодействий описаны следующим образом:

Изменение кинетических свойств ферментов, что может быть результатом незначительных изменений в связывании субстрата или аллостерических эффектах
Обеспечение канализации субстрата путем перемещения субстрата между доменами или субъединицами , что в конечном итоге приводит к намеченному конечному продукту
Создание нового сайта связывания, обычно для малых эффекторных молекул
Инактивация или уничтожение белка
Изменение специфичности белка в отношении его субстрата посредством взаимодействия с различными партнерами связывания, например.g., продемонстрировать новую функцию, которую ни один из белков не может проявлять по отдельности
Выполняет регуляторную роль как в восходящем, так и в последующем событии

Общие методы анализа белок-белковых взаимодействий

Обычно для проверки, характеристики и подтверждения белковых взаимодействий необходимо сочетание методов. Ранее неизвестные белки могут быть обнаружены по их ассоциации с одним или несколькими известными белками. Анализ взаимодействия белков может также выявить уникальные, непредвиденные функциональные роли хорошо известных белков.Обнаружение или проверка взаимодействия — это первый шаг на пути к пониманию того, где, как и при каких условиях эти белки взаимодействуют in vivo и функциональные последствия этих взаимодействий.

Хотя различных методов и подходов к изучению межбелковых взаимодействий слишком много, чтобы описать их здесь, в таблице ниже и оставшейся части этого раздела основное внимание уделяется распространенным методам анализа межбелковых взаимодействий и типам взаимодействий, которые могут быть изучены с использованием каждый метод.Таким образом, стабильные белок-белковые взаимодействия проще всего выделить физическими методами, такими как коиммунопреципитация и анализ методом pull-down, поскольку белковый комплекс не распадается с течением времени. Слабые или временные взаимодействия могут быть идентифицированы с использованием этих методов, сначала ковалентно сшивая белки, чтобы заморозить взаимодействие во время co-IP или pull-down. В качестве альтернативы, перекрестное сшивание, наряду с переносом метки и анализом дальнего вестерн-блоттинга, можно проводить независимо от других методов для выявления межбелковых взаимодействий.

Общие методы анализа различных типов белковых взаимодействий

или сильная

Метод	Белковые взаимодействия
Коиммунопреципитация (co-IP)	Стабильная или сильная
Pull-down 21 928 928 928 Стабильный анализ 928
Анализ взаимодействия сшивающего белка	Временный или слабый
Анализ взаимодействия белков переноса метки	Временный или слабый
Дальневосточный блот-анализ	Умеренно стабильный

Коиммунопреципитация (ко-IP)

Коиммунопреципитация (co-IP) — популярный метод обнаружения взаимодействия белков.Co-IP проводится практически так же, как иммунопреципитация (IP) одного белка, за исключением того, что целевой белок, осажденный антителом, также называемый «приманкой», используется для соосаждения комплекса связывающий партнер / белок. , или «добыча», из лизата. По существу, взаимодействующий белок связывается с антигеном-мишенью, который связывается антителом, иммобилизованным на носителе. Иммунопреципитированные белки и их партнеры по связыванию обычно обнаруживаются электрофорезом в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия (SDS-PAGE) и вестерн-блоттингом.Предположение, которое обычно делается при соосаждении связанных белков, состоит в том, что эти белки связаны с функцией антигена-мишени на клеточном уровне. Однако это только предположение, которое подлежит дальнейшей проверке.

Совместная иммунопреципитация циклина B и Cdk1 . Магнитные гранулы Thermo Scientific Pierce Protein A / G связываются с антителом Cdk1 в комплексе с Cdk1. Циклин B связан с Cdk1 и захватывается вместе со своим партнером по связыванию.

Анализы Pull-down по методологии аналогичны коиммунопреципитации из-за использования подложки в виде шариков для очистки взаимодействующих белков. Однако разница между этими двумя подходами заключается в том, что в то время как co-IP использует антитела для захвата белковых комплексов, в методах «pull-down» используется белок «приманка» для очистки любых белков в лизате, которые связываются с приманкой. Нисходящие анализы идеальны для изучения сильных или стабильных взаимодействий или тех, для которых нет антител для коиммунопреципитации.

Общая схема анализа методом выпадающего списка. Нисходящий анализ — это мелкомасштабная методика аффинной очистки, аналогичная иммунопреципитации, за исключением того, что антитело заменяется какой-либо другой системой аффинности. В этом случае аффинная система состоит из глутатион-S-трансферазы (GST), белка или связывающего домена, меченного полигис- или стрептавидином, который захватывается глутатионом, хелатом металла (кобальт или никель) или покрытыми биотином агарозными шариками. , соответственно.Иммобилизованный белок, меченный слиянием, действует как «приманка» для захвата предполагаемого партнера по связыванию (т.е. «жертвы»). В типичном нисходящем анализе иммобилизованный белок-приманка инкубируется с клеточным лизатом, и после предписанных стадий промывки комплексы выборочно элюируются с использованием конкурирующих аналитов или буферов с низким pH или восстанавливающих буферов для анализа в геле или вестерн-блоттинга.

Анализ взаимодействия сшивающего белка

Большинство белок-белковых взаимодействий являются временными, лишь кратковременно происходящими как часть единственного каскада или другой метаболической функции внутри клетки.Сшивание взаимодействующих белков — это подход к стабилизации или постоянному соединению компонентов комплексов взаимодействия. Как только компоненты взаимодействия ковалентно сшиты, другие стадии (например, лизис клеток, аффинная очистка, электрофорез или масс-спектрометрия) могут быть использованы для анализа взаимодействия белок-белок при сохранении исходного взаимодействующего комплекса.

Гомобифункциональные аминореактивные сшивающие агенты могут быть добавлены к клеткам для сшивания потенциально взаимодействующих белков вместе, которые затем могут быть проанализированы после лизиса с помощью вестерн-блоттинга.Сшивающие агенты могут быть мембранопроницаемыми, такими как DSS, для сшивания внутриклеточных белков, или они могут быть непроницаемыми для мембраны, такими как BS3, для сшивания белков клеточной поверхности. Кроме того, некоторые сшивающие агенты могут быть расщеплены восстанавливающими агентами, такими как DSP или DTSSP, для обращения сшивок.

В качестве альтернативы, гетеробифункциональные сшивающие агенты, которые содержат фотоактивируемую группу, такие как продукт SDA или Sulfo-SDA, могут быть использованы для захвата переходных взаимодействий, которые могут происходить, например, после определенного стимула.Фотоактивация также может происходить после метаболического мечения фотоактивируемыми аминокислотами, такими как L-фото-лейцин или L-фото-метионин.

Сайты сшивания между белками можно картировать с высокой точностью с помощью масс-спектрометрии, особенно если используется расщепляемый МС сшивающий агент, такой как DSSO или DSBU.

Анализ взаимодействия белков переноса меток

Перенос метки включает сшивание взаимодействующих молекул (например, белков наживки и жертвы) с меченым сшивающим агентом, а затем расщепление связи между наживкой и добычей, так что метка остается прикрепленной к жертве.Этот метод особенно ценен из-за его способности идентифицировать белки, которые слабо или временно взаимодействуют с интересующим белком. Новые неизотопные реагенты и методы продолжают делать этот метод более доступным и простым в использовании для любого исследователя.

Экспериментальная стратегия переноса биотиновой метки Sulfo-SBED и анализа методом вестерн-блоттинга.

Дальневосточный блот-анализ

Подобно тому, как анализы pull-down отличаются от ко-IP в обнаружении белок-белковых взаимодействий с использованием меченых белков вместо антител, так и анализ дальнего вестерн-блоттинга отличается от анализа вестерн-блоттинга , поскольку выявляются белок-белковые взаимодействия. путем инкубации белков, подвергнутых электрофорезу, с очищенным, меченым белком-приманкой вместо антитела, специфичного к целевому белку, соответственно.Термин «далеко» был принят, чтобы подчеркнуть это различие.

Схема дальнего вестерн-блоттинга для анализа межбелковых взаимодействий. В этом примере меченый белок-приманка используется для зондирования переносящей мембраны или геля на предмет белка жертвы. После связывания антитело, конъюгированное с ферментом (пероксидаза хрена; HRP), которое нацелено на бирку-приманку, используется для обозначения взаимодействия, которое затем обнаруживается ферментативной хемилюминесценцией. Этот общий подход может быть скорректирован с помощью немаркированного белка приманки, который обнаруживается антителом, биотинилированного белка приманки, который обнаруживается конъюгированным с ферментом стрептавидина, или меченного радиоактивным изотопом белка приманки, который обнаруживается при воздействии на пленку.

Golemis E (2002) Белковые взаимодействия: руководство по молекулярному клонированию. Колд-Спринг-Харбор (Нью-Йорк): Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. p ix, 682.
Phizicky EM, Fields S (1995) Белковые взаимодействия: методы обнаружения и анализа. Microbiol Rev 59: 94–123.

Взаимодействие белок-белок — обзор

1 Введение

Взаимодействие белок-белок (ИПП) — это обширная и сложная сеть реакций, важных для регуляции и выполнения большинства биологических процессов.Недавно эту сеть назвали «интерактомом». ¹ Число бинарных отношений между белками может составлять 200 000 PPI ² или больше, при этом идентифицировано только около 8%. ³ Интерактом является богатым мишенями, но относительно неизученным источником новых лекарств от неизлечимых заболеваний или лекарств, превосходящих используемые в настоящее время агенты. Активность многих продаваемых на рынке препаратов с неизвестными или плохо определенными механизмами действия (MOA) также, вероятно, является результатом воздействия на ИПП.

В этой главе не рассматриваются аналитические вопросы, связанные с обнаружением ИЦП или обнаружением ингибирования или стабилизации ИЦП.В этой главе освещаются специфические для ИПП вопросы, относящиеся к разработке лекарств, и недавний прогресс в решении проблем ИПП с акцентом на онкологическое применение. Оценка ИПП, связанных с инициированием, ростом и распространением рака, очень активна ^4,5 из-за ограничений текущих целей, например, успешного ингибирования стимулирующих рост протеинкиназ, ферментов и рецепторов, связанных с G-белком ( GPCR) ограничены из-за частых мутаций мишени и гетерогенной природы опухолей.Повышенный интерес к ИПП среди медицинских химиков стал результатом недавнего успеха в отношении ИПП, ранее считавшихся трудноизлечимыми, и интенсивной конкуренции с традиционными мишенями, например, протеинкиназами и GPCR. Кроме того, терапевтический эффект ингибиторов или стабилизаторов ИПП, которые используют множественные относительно низкоэнергетические взаимодействия с поверхностью белка для достижения активности, потенциально менее чувствителен к ускользанию белка-мишени посредством мутации. Однако, чтобы преуспеть, химик и команда, работающие с конкретным PPI, должны полностью понимать связанную биологию и биохимию белка, а также расширять свои химические творческие способности.

Взаимодействие белок-белок — обзор

2.2 Регуляция посттрансляционной модификацией

Общей чертой многих опухолей является нарушение регуляции путей передачи сигнала, что приводит к конститутивной и часто лиганд-независимой активации. Как конечные эффекторы этих путей, функция фактора ETS значительно изменяется при раке. Помимо того, что они находятся ниже многих RTK (например, HER2 / neu), факторы ETS регулируют экспрессию множества рецепторов, включая HER2 / neu, рецептор M-CSF, MET, c-kit и рецептор VEGF (Sementchenko & Watson, 2000). ).

Функции фактора ETS контролируются фосфорилированием, ацетилированием, сумоилированием, убиквитинилированием и гликозилированием (обзоры см. В Charlot, Dubois-Pot, Serchov, Tourrette, & Wasylyk, 2010; Tootle & Rebay, 2005; Yordy & Muise-Helmericks, 2000).

Одной из наиболее изученных посттрансляционных модификаций является фосфорилирование. Фосфорилирование белков ETS опосредует влияние на связывание ДНК, межбелковое взаимодействие, активацию транскрипции и субклеточную локализацию.Киназы ERK, JNK и p38 MAP являются нижележащими компонентами сигнальных каскадов. ERK активируются в ответ на митогенные сигналы, тогда как JNK и p38 / SAPK реагируют на сигналы стресса. Конкретные факторы ETS, включая ETS1, ETS2, ELK1, ELK3, ELK4, GABPA, SPIB, ETV1, ETV4 и ETV5, могут фосфорилироваться с помощью MAPK, что приводит к усилению активации транскрипции (Charlot et al., 2010).

Как отмечалось выше, было показано, что фосфорилирование сайта митоген-активируемой протеинкиназы (ERK), прилегающего к домену PNT, положительно регулирует транскрипционную активность ETS1 и ETS2.Хотя фосфорилирование ETS1 киназой MAP не влияет на связывание ДНК, индуцированное кальцием фосфорилирование ETS1 происходит по остаткам серина, присутствующим рядом с ДНК-связывающим доменом, и ингибирует ДНК-связывающую активность ETS1, не влияя на ядерную локализацию. Активность ETS1 и ETS2 также может быть активирована PKC в клетках инвазивного рака молочной железы (Lindemann, Braig, Ballschmieter, et al., 2003; Lindemann, Braig, Hauser, Nordheim, & Dittmer, 2003). Напротив, активность ETV6 негативно регулируется фосфорилированием MAPK, что приводит к его ядерному экспорту и снижению ДНК-связывающей активности.Процессы, которые обратимо контролируются фосфорилированием белка, требуют баланса между активностями протеинкиназы и протеинфосфатазы. Таким образом, важно оценить, связаны ли специфические протеинфосфатазы с дефосфорилированием белков ETS.

Часто связанное с фосфорилированием, ацетилирование также регулирует функцию гена ETS. Ацетилирование ETV1 усиливает его ДНК-связывающую активность и способность транскрипционно активировать гены-мишени (Goel & Janknecht, 2003).В ответ на передачу сигналов TGFβ ETS1 ацетилируется и диссоциирует от комплексов CBP / p300 (Czuwara-Ladykowska, Sementchenko, Watson, & Trojanowska, 2002). Активность FLI1 подавляется посредством серии последовательных посттрансляционных модификаций (фосфорилирование и ацетилирование Thr312 с помощью фактора, связанного с связывающим белком p300 / CREB), что приводит к отсоединению от промоторов целевого гена (например, коллагена) в ответ на TGFβ (Asano et al., 2009). ; Asano & Trojanowska, 2009).

Факторы ETS подвергаются убиквитинированию и последующей протеосомной деградации.ETV1, ETV4 и ETV5 каждый содержит по три потенциальных связывающих мотива для убиквитинлигазы COP1. ETV1 деградирует после убиквитинирования COP1. Данные подтверждают мнение о том, что COP1 функционирует как опухолевый супрессор, опосредованный его негативной регуляцией ETV1, ETV4 и ETV5. В самом деле, дефицит COP1 в простате мышей коррелирует с повышенным ETV1 и повышенной клеточной пролиферацией, гиперплазией и ранней интраэпителиальной неоплазией простаты (Vitari et al., 2011).

Было показано, что сумоилирование влияет на стабильность, активность и локализацию его мишеней.Было обнаружено, что модификация SUMO изменяет функцию нескольких факторов транскрипции, включая членов семейства ETS. Напр., ELK1 модифицируется с помощью SUMO, и эта модификация отменяется активацией пути киназы ERK-MAP. Механически было показано, что сумоилирование ELK1 способствует привлечению активности гистондеацетилазы 2 к промоторам. Это рекрутирование ведет к снижению ацетилирования гистонов и изменению структуры хроматина, что приводит к репрессии транскрипции генов-мишеней ELK1 (Yang & Sharrocks, 2004).Напротив, сумоилирование внутри заостренного домена ETV6 ингибирует ETV6-опосредованную репрессию (Chakrabarti & Nucifora, 1999; Chakrabarti et al., 1999), связанную с секвестрацией в субядерные компартменты. Мутация акцепторного сайта (ов) SUMO приводит к усилению репрессии транскрипции, предположительно из-за снижения ядерного экспорта (Wood, Irvin, Nucifora, Luce, & Hiebert, 2003). Сумоилирование ETS1, ETV4 и ETV5 приводит к снижению транскрипционной активности.

Будущие исследования помогут выяснить функциональное влияние конкретных посттрансляционных модификаций на активность факторов транскрипции ETS.По мере развития специфических антител станет возможным определять временные отношения между конкретными посттрансляционными событиями. С помощью такого анализа также можно будет определить, действуют ли определенные события совместно или антагонистично.

Границы | Методы ЯМР для структурной характеристики белково-белковых комплексов

Введение

Функционирование и выживание клеточных организмов зависят от способности клеточных сообществ передавать важную информацию через коммуникационные сети, обычно называемые сигнальными путями.Результирующие клеточные ответы таких путей опосредуются многочисленными биомолекулярными взаимодействиями, которые имеют решающее значение для регулирования различных жизненно важных биологических процессов, включая передачу сигналов, регуляцию генов, ферментный катализ, иммунный ответ, обработку сигналов, кодирование и интеграцию (Hunter et al., 2000; Wong, Scott, 2004; Холоденко, 2006; Anglister et al., 2016). Некоторые важные патологии, такие как рак, хронический воспалительный синдром и диабет, обычно зависят от нарушения работы одного или нескольких этапов сигнального пути (Yarden and Sliwkowski, 2001; Fischer et al., 2003; Gray et al., 2003; Солинас и др., 2007; Wang et al., 2013; Vlahopoulos et al., 2015). Получение понимания с атомарным разрешением динамических белок-белковых взаимодействий, лежащих в основе регуляции путей передачи сигнала, поэтому имеет решающее значение для разработки эффективных стратегий терапевтического вмешательства против болезней человека.

Здесь мы опишем современные методологии ЯМР для характеристики структуры и термодинамики белок-белковых взаимодействий.Этот вклад предназначен для специалистов, не занимающихся ЯМР, поэтому он ограничен наиболее распространенными методами ЯМР для исследования белок-белковых взаимодействий. В частности, мы представим различные методы для определения границ связывания и определения констант диссоциации ( K _D), в дополнение к другим соответствующим экспериментам по определению структуры ЯМР комплексов белок-белок. ЯМР уникально подходит для получения информации с атомным разрешением о структуре, динамике и термодинамике белок-белковых комплексов в почти физиологических условиях.Непрерывный технологический прогресс в области ЯМР в растворах и в твердом состоянии делает методы ЯМР фундаментальными инструментами исследования для понимания биохимии путей передачи сигналов.

Интерфейс и сродство связывания посредством экспериментов по усилению парамагнитной релаксации в растворителе и возмущениям химического сдвига

Нацеливание на специфические белок-белковые взаимодействия в целях регулирования и ингибирования предлагает жизнеспособный способ контроля и манипулирования избирательными путями.Чтобы извлечь выгоду из этого подхода, важно определить четко определенные интерфейсы связывания и аффинности связывания, которые важны при разработке тактики для модуляции межбелковых взаимодействий. ЯМР способен обнаруживать изменения в локальной электронной среде, вызванные событиями связывания, выявляя области белка, участвующие в интерфейсе связывания. Анализ данных ЯМР также может предоставить термодинамическую информацию о взаимодействии, такую как сродство связывания комплекса белок-белок.Из доступных методов ЯМР, эксперименты по химическому сдвигу (CSP) и увеличению парамагнитной релаксации в растворителе (PRE) нашли широкое применение для раскрытия деталей белок-белковых взаимодействий.

Возмущение химического сдвига (CSP)

Анализ

CSP, вероятно, является наиболее информативным и широко применяемым методом ЯМР, используемым для исследования взаимодействий связывания (Williamson, 2013; Furukawa et al., 2016). Химический сдвиг ЯМР-активных ядер чрезвычайно чувствителен к их локальному электронному окружению, которое часто нарушается событиями связывания.Анализ изменения химического сдвига, вызванного связыванием белок-белок, дает обширную информацию о сайте взаимодействия и сродстве связывания.

В типичном эксперименте CSP получают эталонный спектр двумерной гетероядерной одноквантовой когерентности (HSQC) для ¹⁵ N- или ¹³ C-меченного белка в отсутствие его партнера по связыванию с последующей серией спектров HSQC. измеряется при возрастающих концентрациях немеченого лиганда (Фигуры 1A, B). Эти методы ЯМР-титрования идеально подходят и дают наилучшие результаты для слабых взаимодействий связывания (аффинность в диапазоне мкМ-мМ), которые быстро обмениваются между свободной и лигированной формами по шкале времени ЯМР (т.е.е., скорость обмена ≥ мкс ^-1). Действительно, для связывания в этом режиме быстрого обмена наблюдаемые химические сдвиги представляют собой средневзвешенное значение химических сдвигов свободного и комплексного белка (Williamson, 2013; Furukawa et al., 2016). Следовательно, график изменения химического сдвига как функции концентрации партнера по связыванию приводит к изотерме связывания, которую можно использовать для получения константы диссоциации ( K _D) для комплекса белок-белок (рисунки 1Б, Г).Картирование CSP при насыщающей концентрации партнера по связыванию на структуре белка, наблюдаемой с помощью ЯМР, предоставляет информацию об остатках, которые находятся на границе раздела комплекса (рис. 1C). Однако интерфейсы белок-белок, выделенные CSP, обычно более неоднозначны, чем те, которые обнаруживаются в экспериментах с растворителем-PRE (рис. 1C, G). Действительно, межмолекулярные контакты с участием атомов на длинных боковых цепях могут не вызывать существенных изменений в электронном окружении соответствующего амида основной цепи и оставаться незамеченными с помощью CSP (которые обычно измеряются с использованием ¹ H-¹⁵ N HSQC).Кроме того, в отличие от растворителя-PRE, данные CSP чрезвычайно чувствительны к аллостерическим конформационным изменениям, которые могут происходить при связывании (Boulton and Melacini, 2016). В отсутствие дополнительной структурной информации отличить изменения химического сдвига, обусловленные прямыми белок-белковыми контактами, от изменений, вызванных аллостерическими конформационными изменениями, может быть сложной задачей.

Рисунок 1 . Solvent-PRE и CSP-анализ комплекса EIN-HPr. (A) CSP, измеренное для ¹⁵ N-меченых HPr в присутствии насыщающих концентраций немеченого EIN, нанесены на график в зависимости отиндекс остатка. (B) Пример кросс-пика из ¹ H-¹⁵ N HSQC-спектр ¹⁵ N-меченого HPr, измеренный при увеличивающейся концентрации EIN. Был выбран пик со сложной границы раздела. (C) Данные CSP из панели (A) нанесены на поверхность HPr в соответствии с цветной полосой. Соответствующие части EIN показаны желтыми трубками. (D) CSP в сравнении с согласованием EIN (черные кружки). Данные могут соответствовать (черная линия), чтобы вернуть K _D комплекса EIN-HPr. (E) ΔPRE в зависимости от индекса остатка. ΔPRE рассчитываются путем вычитания PRE растворителя (т. Е. Увеличения ¹ H _N — R ₂, вызванного добавлением 4 мМ Gd (DTPA-BMA) к образцу ЯМР), измеренного для ¹⁵ N-меченый HPr образовал комплекс с немеченым EIN из данных PRE растворителя, измеренных для свободного белка. В то время как большинство остатков HPr показывают отрицательный ΔPRE (который является результатом уменьшенной вращательной диффузии комплексного HPr по сравнению со свободным белком), блокировка парамагнитного зонда от границы связывания приводит к положительным ΔPRE. (F) Пример перекрестных пиков из ¹ H- ¹⁵ Спектры N HSQC 0,8 мМ ¹⁵ N-меченый HPr в присутствии 0 мМ EIN и 0 мМ Gd (DTPA-BMA) (розовый) , 0 мМ EIN и 4 мМ Gd (DTPA-BMA) (оранжевый), 1 мМ EIN и 0 мМ Gd (DTPA-BMA) (синий), 1 мМ EIN и 4 мМ Gd (DTPA-BMA) (голубой). Два кросс-пика были выбраны для иллюстрации случаев, когда остаток находится далеко от границы раздела комплекса (G58), и остаток HPr находится в прямом контакте с EIN (L47). (G) ΔPRE нанесены на поверхность HPr в соответствии с цветной полосой.Соответствующие части EIN показаны желтыми трубками. (H) Конструкции двух обычно используемых парамагнитных зондов для исследований доступности поверхности.

Эксперименты по титрованию ЯМР

используются также для исследования тесных белок-белковых взаимодействий, которые находятся в диапазоне аффинности от суб-мкМ до нм (Williamson, 2013; Furukawa et al., 2016). Для таких сильных событий связывания, которые часто подвергаются промежуточному или медленному обмену на шкале времени ЯМР, влияние титранта на появление сигналов ЯМР отличается от случая быстрого обмена.Действительно, в режиме медленного обмена наблюдаются отдельные пики для свободной и комплексной форм, тогда как интенсивность пиков ЯМР будет ослабляться в случае промежуточного обмена (обратите внимание, что максимальное затухание ожидается для средней точки белка. -пробелкового титрования). Следовательно, определение K _D для таких систем с помощью ЯМР может быть затруднено, поскольку зависимость интенсивности сигнала ЯМР и химического сдвига от населенностей свободного и связанного состояний нетривиальна.Методы ЯМР, сочетающие измерения релаксационной дисперсии R ₂ и ZZ-обмена, были разработаны для получения кинетической, термодинамической и структурной информации о событиях связывания, происходящих в режимах промежуточного и медленного обмена (Furukawa et al., 2016).

Усиление парамагнитной релаксации в растворителе (PRE)

Эффекты

Solvent-PRE возникают из-за магнитной диполярной связи между ЯМР-активным ядром исследуемого белка и одним (или несколькими) неспаренными электронами, расположенными на парамагнитной молекуле, используемой в качестве зонда доступности растворителя.Ядро-электронное взаимодействие эффективно увеличивает скорости продольной и поперечной релаксации ядерных спинов ( R ₁ и R ₂, соответственно) на величину, пропорциональную локальной концентрации парамагнитной молекулы (Varrazzo et al. ., 2005; Бернини и др., 2009). Растворители-PRE обычно измеряются путем взятия разницы между скоростью ¹ H- R ₂, измеренной в присутствии парамагнитного зонда, и скоростью ¹ H- R ₂, измеренной в диамагнитном поле. эталонный образец (рисунки 1E, F) (Anthis and Clore, 2015).Следовательно, в случае свернутого глобулярного белка, PRE-растворитель, как ожидается, будет уменьшаться с увеличением расстояния от молекулярной поверхности (Bernini et al., 2009). Для определения границы связывания белок-белок измеряются PRE растворителя для свободных и комплексных форм, где первичный интересующий белок является видимым ЯМР (т.е. ¹⁵ N и / или ¹³ C), а другой — ЯМР. невидимый (т.е. при естественном изотопном содержании). При образовании комплекса белок-белок ранее открытая связывающая поверхность будет скрыта внутри, эффективно уменьшая PRE растворителя, измеренную для ядер на границе связывания (см. Рисунки 1E-G) (Arumugam et al., 1998; Бернини и др., 2006а; Гаримелла и др., 2006). Теоретически тот же протокол может быть повторен при изменении схемы мечения для точного определения остатков второго белка, которые находятся на границе раздела комплекса.

С практической точки зрения важно, чтобы парамагнитный зонд не устанавливал электростатических и / или гидрофобных взаимодействий с исследуемыми белками. Это условие исключает возможность смещенного распределения столкновений между зондом малой молекулы и макромолекулярной поверхностью, что позволяет напрямую интерпретировать данные растворителя-PRE с точки зрения доступности растворителя.Среди коммерчески доступных малых парамагнитных молекул, TEMPOL и Gd (DTPA-BMA), как сообщается, демонстрируют минимальные взаимодействия с белками и нуклеиновыми кислотами и используются для характеристики поверхностной доступности нескольких макромолекул и макромолекулярных комплексов (рис. 1H) (Pintacuda and Otting, 2002; Venditti et al., 2007, 2008; Staple et al., 2008; Hartlmuller et al., 2019). В некоторых отчетах растворитель-PRE, продуцируемый несколькими парамагнитными зондами, анализируется одновременно, чтобы исключить существование предпочтительных взаимодействий зонда с макромолекулой и получить точную картину макромолекулярной поверхности (Bernini et al., 2006b). Хотя эксперименты с растворителем и PRE предоставляют обширную структурную информацию о макромолекулярных комплексах, основным недостатком является их неспособность определить термодинамические параметры белок-белковых взаимодействий. Чтобы восполнить этот пробел, можно использовать эксперименты CSP.

Структурные модели из данных Solvent-PRE и CSP

Хотя анализ CSP и PRE растворителя являются мощными инструментами для различения границ связывания, взаимосвязей между структурой и активностью и значений K _D (Nerli et al., 2018; Nitsche and Otting, 2018), дополнительная структурная информация о комплексе белок-белок может быть получена путем объединения данных CSP и / или растворителя-PRE с моделированием молекулярной стыковки. В настоящее время доступно программное обеспечение, которое обеспечивает простой подход к определению сложных структур из интегрированных наборов данных PRE и / или CSP с использованием растворителей с использованием моделирования стыковки (Dominguez et al., 2003; Madl et al., 2011).

Методы ЯМР для определения структур атомного разрешения белок-белковых комплексов

Обсуждаемые выше эксперименты с растворителем-PRE и CSP представляют собой простые и недорогие методы, которые идеально подходят для исследований белок-белковых взаимодействий с низким разрешением.Получение более высокого разрешения при изучении макромолекулярных комплексов требует подробной информации о конкретных межатомных контактах через комплексный интерфейс и об относительной ориентации между партнерами по связыванию. Другие наблюдаемые ЯМР, такие как ядерный эффект Оверхаузера (NOE) и остаточное диполярное сцепление (RDC), обычно используются для более продвинутых исследований белок-белковых взаимодействий.

Межмолекулярный ядерный эффект Оверхаузера (NOE)

Определение трехмерных структур макромолекул с атомным разрешением с помощью ЯМР традиционно основывается на измерении межпротонных расстояний в экспериментах с NOE (Clore and Gronenborn, 1998).NOE могут быть обнаружены между протонами, которые находятся в пространственной близости (расстояние <6 Å) внутри макромолекулы, и, следовательно, обеспечивают короткие ограничения межпротонного расстояния для протоколов расчета структуры. Основным недостатком использования экспериментов с NOE для исследования белковых комплексов является их зависимость r ⁻⁶ от межъядерного расстояния, что делает межмолекулярные NOE намного слабее и труднее для наблюдения, чем внутримолекулярные NOE. Чтобы преодолеть такое ограничение, были введены многие методы ЯМР для очистки внутримолекулярных NOE и выборочного наблюдения межмолекулярных диполярных взаимодействий (Anglister et al., 2016). Среди этих методов, эксперименты с изотопным редактированием / изотопной фильтрацией обычно используются при анализе границ раздела белок-белок.

Изотопно-отредактированные / отфильтрованные изотопом последовательности импульсов используют начальную серию импульсов INEPT (или HMQC) для выбора намагниченности, происходящей от протонов, ковалентно связанных с ¹³ C- или ¹⁵ N-меченых ядер. Этот этап называется изотопным редактированием и имеет эффект сохранения только намагниченности, происходящей от белка, обогащенного изотопами.Во время последующего периода смешивания продольная намагниченность, полученная на этапе редактирования изотопа, передается ближайшим протонам посредством NOE. Заключительный этап изотопной фильтрации устраняет намагничивание протонов, присоединенных к ¹³ C- или ¹⁵ N-меченым гетероядрам. Следовательно, если белки A и B в бинарном комплексе являются ¹³ C / ¹⁵ N- и ¹² C / ¹⁴ N-меченными, соответственно, сигнал ЯМР детектируется с помощью изотопного редактирования / изотопной фильтрации отчеты об экспериментах по переносу NOE между ¹³ C и ¹⁵ N-связанными протонами на белке A и ¹² C и ¹⁴ N-связанными протонами белка B (рис. 2B).Действительно, этапы редактирования и фильтрации импульсной последовательности гарантируют, что внутримолекулярные эффекты NOE, которые могут скрывать более слабые межмолекулярные связи, эффективно удаляются из детектируемого сигнала ЯМР (Anglister et al., 2016).

Рисунок 2 . Методы ЯМР для определения структуры высокомолекулярных комплексов. (A) Подгонка экспериментальных RDC NH _N, измеренных для фосфорилированного комплекса EIN-HPr (Suh et al., 2008), к (i) экспериментальной структуре ЯМР (код PDB: 3EZA; левая панель), (ii ) две структурные модели, созданные путем перемещения HPr на 10 Å вдоль двух перпендикулярных направлений (вторая и третья панели слева), и (iii) три структурные модели, созданные поворотом HPr на 10 °, 25 ° и 45 ° вокруг оси, перпендикулярной к сложному интерфейсу (последние три панели слева).Качество посадки оценивается с помощью R-фактора. Высокий R-фактор указывает на плохое согласие между экспериментальными данными RDC и структурной моделью (Clore and Garrett, 1999). (B) В эксперименте с изотопным редактированием / изотопной фильтрацией внутримолекулярные NOE (черные пунктирные линии) удаляются, в то время как межмолекулярные NOE (красные сплошные линии) сохраняются. На панелях (A, B) HPr — оранжевый, а EIN — синий. (C) Схематическое изображение твердого белкового комплекса и схем передачи гетероядерной поляризации.В первой схеме смеси изотопного мечения допускают межмолекулярные гетероядерные корреляции. На второй схеме внутримолекулярная ¹⁵ N- ¹³ C дефазировка предшествует межмолекулярным гетероядерным ¹⁵ N- ¹³ C корреляциям. В третьей схеме внутримолекулярный ¹ H ¹¹ H- ¹³ C ³³ C / ¹⁵ N ⁵⁵ N дефазирование способствует межмолекулярному ¹ H- ¹³ C / ¹⁵ N кросс -поляризация, идентифицирующая меченые изотопами сайты на белке, взаимодействующем с немеченым партнером по связыванию.

Эксперимент ЯМР с редактированием изотопов / фильтрованием изотопов использовался для исследования межмолекулярных взаимодействий в относительно больших (до ~ 70 кДа) комплексах и макромолекулярных ансамблях (Garrett et al., 1999; Williams et al., 2004; Xu et al. , 2006). В принципе возможны приложения к более крупным системам, особенно в сочетании со схемами мечения изотопов, которые уменьшают скорость поперечной релаксации протонов. Селективное ¹³ CH ₃ мечение боковых цепей Ile, Leu и Val на фоне пердейтерированного в противном случае может потенциально подтолкнуть предел молекулярной массы в диапазоне> 100 кДа (Tugarinov et al., 2003). Однако, поскольку эта схема маркировки резко снижает количество ожидаемых межмолекулярных диполярных взаимодействий (обратите внимание, что пердейтерирование эффективно снижает количество протонов на сложной границе раздела), дополнительные экспериментальные ограничения необходимо использовать для точного определения трехмерной структуры макромолекулярного комплекса.

Остаточно-диполярная муфта (RDC)

RDC — это объекты, наблюдаемые методом ЯМР, которые обычно используются для получения структурных ограничений на большие расстояния для протоколов расчета конструкций (Prestegard et al., 2000; Venditti et al., 2016). В подавляющем большинстве приложений RDC измеряются для ковалентно связанных групп NH или CH и предоставляют информацию об угле, образованном векторами связей N-H или C-H с внешним магнитным полем (Tjandra and Bax, 1997). RDCs особенно эффективны для определения относительной ориентации двух белков внутри комплекса, поскольку, если белки можно рассматривать как твердые тела, только небольшое количество RDC требуется для решения геометрической задачи (Clore, 2000).Важно подчеркнуть, что, хотя RDC очень чувствительны к вращению, они совершенно нечувствительны к поступательным движениям (рис. 2A). Следовательно, трехмерные структуры макромолекулярных комплексов не могут быть решены с использованием исключительно данных RDC. Точные структуры больших белок-белковых комплексов могут быть получены на основе нескольких межмолекулярных NOE для обеспечения трансляционной информации, дополненной RDC для ориентации. Этот подход был использован для определения структур атомарного разрешения всех белок-белковых комплексов, обеспечивающих передачу сигналов в бактериальной фосфотрансферазной системе (Clore and Venditti, 2013).

Сложность в применении RDC для исследования комплексов белок-белок состоит в том, что эксперимент требует, чтобы молекулярный комплекс был частично выровнен с магнитным полем во время сбора данных ЯМР. Это условие включает подготовку образца ЯМР в разбавленной жидкокристаллической среде, такой как бицеллы (Tjandra and Bax, 1997) или фаг (Hansen et al., 1998). Хотя очень важно, чтобы среда для выравнивания, используемая для измерения, не нарушала структуру исследуемого комплекса, в литературе сообщалось о нескольких протоколах приготовления и оптимизации сред для выравнивания, облегчающих это усилие (Venditti et al., 2016).

Белковые взаимодействия в твердом состоянии

Очень большие биомолекулярные комплексы, такие как белковые фибриллы, микротрубочки, вирусные частицы или мембранные белки в нативном липидном бислое, составляют системы, которые ограничивают вращение молекул и, таким образом, ведут себя как твердые тела. Твердотельная ЯМР-спектроскопия восстанавливает разрешение, которое в противном случае терялось из-за ориентационно-зависимой природы ядерных магнитных взаимодействий. ЯМР с вращением под магическим углом (MAS) позволяет полностью определить резонансы ¹³ C и ¹⁵ N для белков малого и среднего размера.Используя пердейтерирование или сверхбыстрый MAS, можно также получить ¹ H отнесения. Таким образом, MAS-ЯМР облегчает анализ белок-белковых взаимодействий в биологических твердых телах на атомном уровне (Marulanda et al., 2004; Miao and Cross, 2013; Arachchige et al., 2018; van der Wel, 2018). Системы, в которых только один из двух взаимодействующих белков изначально находится в твердом состоянии, как в случае с мембранными белками, которые взаимодействуют с растворимыми белками как часть пути передачи сигнала, также поддаются твердотельному ЯМР-анализу.На рис. 2С показан такой случай, в котором твердотельные ЯМР-спектры с периферически присоединенным белком и без него могут быть записаны для определения границ связывания в мембранном белке через CSP. С другой стороны, характеристика границы связывания растворимого белка в этом комплексе требует назначения резонанса для этого белка в связанном состоянии, что исключает анализ CSP. Действительно, твердотельные образцы представляют разные проблемы, но также открывают возможности для детального понимания белковых комплексов в нативных средах.

Твердотельный ЯМР-анализ белок-белковых взаимодействий частично руководствуется некоторыми концепциями, описанными выше для ЯМР в растворе, включая PRE в растворителе и CSP, которые часто могут применяться аналогичным образом как в экспериментах с ЯМР в растворе, так и в твердотельных экспериментах ( Wang et al., 2012; Park et al., 2015; Dannatt et al., 2016; Rogawski, McDermott, 2017; Theint et al., 2018). Однако эффективность и гибкость гетероядерного диполярного воссоединения в MAS-ЯМР, где взаимодействия между различными типами ядер могут быть выборочно восстановлены, облегчает реализацию подходов к межмолекулярному переносу поляризации, аналогичных межмолекулярным NOE в растворе ЯМР, но с использованием селективности ¹⁵ N- ¹³ C или ¹ H- ¹⁵ N / ¹ H- ¹³ C диполярные муфты.Межмолекулярный перенос поляризации одновременно идентифицирует границы связывания и однозначно проясняет структурные ограничения. Выбор схемы межмолекулярного переноса поляризации зависит от способности изотопно метить вовлеченные белки.

Межмолекулярное гетероядерное взаимодействие

В случаях, когда оба взаимодействующих белка могут быть независимо продуцированы и помечены изотопами, одним из наиболее универсальных подходов является анализ образца, когда один белок (¹² C, ¹⁵ N) равномерно помечен ¹⁵ N и другой белок (¹³ C, ¹⁴ N) равномерно помечен ¹³ C (Yan et al., 2013; Демерс и др., 2018). Затем можно применить эксперименты по диполярному воссоединению для записи серии корреляционных спектров 2D ¹⁵ N-¹³ C с увеличивающимся временем смешивания, которые обеспечивают зависящие от расстояния интенсивности кросс-пиков, по которым можно оценить межъядерные расстояния. В качестве альтернативы, для получения качественной информации на основе относительных интенсивностей сигналов между различными кросс-пиками можно использовать один дальний спектр смешения. Таким образом, каждая пара ¹⁵ N- ¹³ C соответствует межмолекулярному контакту, идентификация которого зависит от получения резонансных назначений для каждого белка.Поскольку ¹⁵ N резонансных линий обычно имеют умеренное разрешение, идентификация нескольких контактов в одной и той же области часто поддерживает однозначное определение межмолекулярного кросс-пика. Эксперимент можно повторить для образца, состоящего из белков, помеченных обратным образом, чтобы зарегистрировать дополнительный набор межмолекулярных корреляций ¹⁵ N-¹³ C. Гетероядерные методы, такие как TEDOR и PAINCP, были реализованы для получения дальнодействующих корреляций таких смешанно-меченых образцов (Yang et al., 2008). Спектральное упрощение межмолекулярных спектров облегчает применение динамической ядерной поляризации для повышения экспериментальной чувствительности (Bayro et al., 2011).

Методы дефазирования

Фильтрация сигналов посредством гетероядерной дефазировки позволяет использовать образцы, в которых один белок равномерно мечен ¹³ C и ¹⁵ N, а другой белок только ¹⁵ N. Одна связь ¹⁵ N- ¹³ C Расфазировка REDOR устраняет внутримолекулярные корреляции, после чего следует перенос дальнодействующей гетероядерной поляризации для создания межмолекулярных ¹⁵ N-¹³ C корреляций.Для стадии переноса PAINCP является эффективным выбором, который использует гетероядерную когерентность более высокого порядка (Yang et al., 2008). Этот подход с двухфазным переносом имеет то преимущество, что позволяет проводить последовательное отнесение и подтверждение отнесения для однородно меченного ¹³ C, ¹⁵ N белка с одним и тем же образцом.

Межмолекулярная кросс-поляризация

Поленова с соавторами недавно продемонстрировали подход, в котором однородно меченный ¹³ C, ¹⁵ N белок может быть проанализирован в комплексе с природным распространенным белком (Guo et al., 2017). Сначала взаимодействия ¹ H- ¹³ C (или ¹ H- ¹⁵ N) расфазированы в меченом белке, а затем ¹ H- ¹³ C (или ¹ H- ¹⁵ N) кросс-поляризация используется для передачи поляризации между ядрами ¹ H в немеченом белке и ядрами ¹³ C (или ¹⁵ N) в меченом белке. Этот подход позволяет идентифицировать связывающую поверхность белка в комплексе с другим белком или сборкой белков, которые не могут быть эффективно помечены изотопами, тем самым расширяя диапазон применений, возможных с помощью методов твердотельного ЯМР для белок-белковых взаимодействий.

Выводы

Сигнальные пути — это сложные коммуникационные сети, которые играют фундаментальную роль в контроле практически всех клеточных реакций посредством различных белок-белковых взаимодействий. В силу их значительной биологической значимости, такие взаимодействия вызвали значительный интерес к их потенциальному использованию в лечении взаимосвязанных патологий человека. С этой целью необходимо получить явную характеристику специфических белок-белковых взаимодействий.Хотя существует несколько методов, применимых для исследования макромолекулярных систем, ЯМР обладает уникальной способностью предоставлять термодинамическую и структурную информацию о макромолекулярных комплексах с атомным разрешением. Действительно, комбинация экспериментов растворитель-PRE и CSP позволяет выделить четко определенные границы связывания, аффинности и способы связывания. Данные NOE и RDC исключительно ценны для определения важнейших межатомных контактов и структурной ориентации белок-белковых взаимодействий.Кроме того, дополнительные эксперименты ЯМР, такие как DEST, релаксационная дисперсия, PRE и PCS (не описанные в данном документе), в сочетании со сложными методами изотопного мечения были использованы для характеристики ряда высокомолекулярных белок-белковых комплексов (Libich et al. al., 2013, 2015; Anthis, Clore, 2015; Даниленко и др., 2019). Исчерпывающие знания о молекулярных механизмах, управляющих образованием и стабилизацией комплексов белок-белок, обеспечиваемые анализом ЯМР (часто дополняемым другими методами исследования), являются фундаментальным шагом на пути к созданию эффективных стратегий для манипулирования и контроля конкретных межмолекулярных взаимодействий в сигнальных путях.

Заявление о доступности данных

Наборы данных, созданные для этого исследования, доступны по запросу соответствующему автору.

Авторские взносы

Рукопись написали

JP, BK, MB и VV. МБ и ВВ получили финансирование исследований.

Финансирование

Эта работа была поддержана фондами NIGMS R35GM133488 (для VV), Благотворительного фонда Роя Дж. Карвера (для VV), Пуэрто-Рико-научного, технологического и исследовательского фонда 2020-00128 (для MB), Институциональных фондов для исследований. (FIPI) и Отделение аспирантуры и исследований UPR-RP (MB).

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Мы благодарим докторов наук. G. Marius Clore и Jeong-Yong Suh за предоставление данных RDC для комплекса EIN-HPr.

Список литературы

Англистер Дж., Шривастава Г. и Найдер Ф. (2016). Обнаружение межмолекулярных взаимодействий NOE в больших белковых комплексах. Прог. Nucl. Magn. Резон. Spectrosc. 97, 40–56. DOI: 10.1016 / j.pnmrs.2016.08.002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Араччиг, Р. Дж., Бертон, С. Д., Лу, Ж.-Х., Гиновска, Б., Хардинг, Л. К., Тейлор, М. Е. и др. (2018). Твердотельный ЯМР-идентификация межмолекулярных взаимодействий в амелогенине, связанном с гидроксиапатитом. Biophys. J. 115, 1666–1672. DOI: 10.1016 / j.bpj.2018.08.027

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Арумугам, С., Хемме, К. Л., Йошида, Н., Судзуки, К., Нагасе, Х., Берджанский, М. и др. (1998). Участки контакта TIMP-1 и нарушения стромелизина 1 картированы с помощью ЯМР и парамагнитного поверхностного зонда. Биохимия 37, 9650–9657. DOI: 10.1021 / bi980128h

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Байро, М. Дж., Дебелушина, Г. Т., Эдди, М. Т., Биркетт, Н. Р., Макфи, К. Э., Розей, М. и др. (2011). Определение межмолекулярной структуры амилоидных фибрилл с вращением под магическим углом и ЯМР с динамической ядерной поляризацией. J. Am. Chem. Soc. 133, 13967–13974. DOI: 10.1021 / ja203756x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Бернини А., Спига О., Чютти А., Вендитти В., Приски Ф., Говернатори М. и др. (2006a). ЯМР-исследования агрегации BPTI с использованием парамагнитных релаксационных реагентов. Биохим. Биофиз. Acta 1764, 856–862. DOI: 10.1016 / j.bbapap.2006.02.013

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Бернини, А., Спига, О., Вендитти, В., Приски, Ф., Браччи, Л., Тонг, А. П. и др. (2006b). ЯМР-исследования доступности поверхности лизоцима с использованием различных парамагнитных релаксационных зондов. J. Am. Chem. Soc. 128, 9290–9291. DOI: 10.1021 / ja062109y

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Бернини А., Вендитти В., Спига О. и Никколай Н. (2009). Исследование доступности поверхности белков с помощью растворителей и парамагнитных молекул. Прог. ЯМР Spectrosc. 54, 278–289. DOI: 10.1016 / j.pnmrs.2008.10.003

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Клор, Г. М. (2000). Точная и быстрая стыковка белок-белковых комплексов на основе данных по усилению межмолекулярного ядерного взаимодействия и диполярных связей за счет минимизации твердого тела. Proc. Natl. Акад. Sci. США 97, 9021–9025. DOI: 10.1073 / pnas.97.16.9021

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Клор, Г. М.и Гарретт Д. С. (1999). R-фактор, свободный R и полная перекрестная проверка для уточнения диполярной связи структур ЯМР. J. Am. Chem. Soc. 121, 9008–9012. DOI: 10.1021 / ja9

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Клор, Г. М., и Гроненборн, А. М. (1998). Определение структуры больших белков и белковых комплексов методом ЯМР. Trends Biotechnol. 16, 22–34. DOI: 10.1016 / S0167-7799 (97) 01135-9

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Клор, Г.М., Вендитти В. (2013). Структура, динамика и биофизика цитоплазматических белково-белковых комплексов бактериальной фосфоенолпируват: сахарная фосфотрансфераза. Trends Biochem. Sci. 38, 515–530. DOI: 10.1016 / j.tibs.2013.08.003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Даниленко, Н., Лерчер, Л., Киркпатрик, Дж., Габель, Ф., Кодутти, Л., и Карломаньо, Т. (2019). Гистоновый шаперон использует внутреннее нарушение для переключения специфичности ацетилирования. Nat. Commun. 10: 3435. DOI: 10.1038 / s41467-019-11410-7

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Даннатт, Х. Р. У., Феллетти, М., Джеле, С., Ван, Ю., Эмсли, Л., Диксон, Н. Э. и др. (2016). Слабые и временные белковые взаимодействия, определяемые методом твердотельного ЯМР. Angewandte Chem. Int. Эд. 55, 6638–6641. DOI: 10.1002 / anie.201511609

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Демерс, Ж.-П., Фрике, П., Ши, К., Чевелков, В., и Ланге, А. (2018). Определение структуры надмолекулярных ансамблей методом твердотельного ЯМР: практические соображения. Прог. Ядерный магнит. Резон. Спектро. 109, 51–78. DOI: 10.1016 / j.pnmrs.2018.06.002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Домингес К., Боеленс Р. и Бонвин А. М. (2003). HADDOCK: подход к стыковке белков и белков, основанный на биохимической или биофизической информации. J. Am.Chem. Soc. 125, 1731–1737. DOI: 10.1021 / ja026939x

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Фурукава А., Конума Т., Янака С. и Сугасе К. (2016). Количественный анализ белок-лигандных взаимодействий с помощью ЯМР. Прог. Ядерный магнит. Резон. Спектро. 96, 47–57. DOI: 10.1016 / j.pnmrs.2016.02.002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гаримелла, Р., Лю, X., Цяо, В., Лян, X., Цудервег, Э. Р. П., Райли, М.I., et al. (2006). Hsc70 связывается со спиралью III домена J с T-антигенами полиомавируса: решение дилеммы шаперонной гипотезы о том, как они высвобождают E2F из pRb. Биохимия 45, 6917–6929. DOI: 10.1021 / bi060411d

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гарретт, Д. С., Сок, Ю. Дж., Петеркофски, А., Гроненборн, А. М., и Клор, Г. М. (1999). Структура раствора комплекса для переноса фосфорила с концентрацией 40000 МР между N-концевым доменом фермента I и HPr. Nat. Struct. Биол. 6, 166–173. DOI: 10,1038 / 5854

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Грей, С. Г., Стенфельдт Матиасен, И., и Де Мейтс, П. (2003). Инсулиноподобные факторы роста и инсулино-сигнальные системы: привлекательная цель для лечения рака груди? Hormone Metabol. Res. 35, 857–871. DOI: 10,1055 / с-2004-814142

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Го, К., Хоу, Г., Лу, X., и Поленова Т. (2017). Картирование белок-белковых взаимодействий с помощью спектроскопии ЯМР с вращением под магическим углом с двойным фильтром REDOR. J. Biomol. ЯМР 67, 95–108. DOI: 10.1007 / s10858-016-0086-1

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хансен, М. Р., Мюллер, Л., и Парди, А. (1998). Настраиваемое выравнивание макромолекул нитчатым фагом приводит к дипольным взаимодействиям сцепления. Nat. Struct. Биол. 5, 1065–1074. DOI: 10.1038 / 4176

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хартлмюллер, К., Спрейцер, Э., Гобл, К., Фальсоне, Ф., и Мадл, Т. (2019). ЯМР-характеристика доступности растворителя и переходной структуры внутренне неупорядоченных белков. J. Biomol. ЯМР 73, 305–317. DOI: 10.1007 / s10858-019-00248-2

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Либич, Д. С., Фаузи, Н. Л., Ин, Дж., И Клор, Г. М. (2013). Исследование переходного темного состояния связывания субстрата с GroEL методом ЯМР на основе релаксации. Proc.Natl. Акад. Sci. США 110, 11361–11366. DOI: 10.1073 / pnas.1305715110

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Либич, Д. С., Тугаринов, В., Клор, Г. М. (2015). Внутренняя разворачивающая / фолдазная активность шаперонина GroEL напрямую продемонстрирована с помощью ЯМР на основе многоядерной релаксации. Proc. Natl. Акад. Sci. США 112, 8817–8823. DOI: 10.1073 / pnas.1510083112

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мадл, Т., Гуттлер Т., Горлич Д. и Саттлер М. (2011). Структурный анализ больших белковых комплексов с использованием усиления парамагнитной релаксации растворителя. Angew Chem. Int. Эд. Англ. 50, 3993–3997. DOI: 10.1002 / anie.201007168

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Маруланда, Д., Тасайко, М. Л., Макдермотт, А., Катальди, М., Арриаран, В., и Поленова, Т. (2004). Твердотельная ЯМР-спектроскопия с вращением под магическим углом для структурных исследований границ раздела белков.резонансные отнесения дифференциально обогащенного тиоредоксина Escherichia coli, собранного путем комплементации фрагментов. J. Am. Chem. Soc. 126, 16608–16620. DOI: 10.1021 / ja0464589

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нерли, С., МакШан, А. К., Сгуракис, Н. Г. (2018). Методы определения структуры ЯМР на основе химического сдвига. Прог. Ядерный магнит. Резон. Спектро. 106–107, 1–25. DOI: 10.1016 / j.pnmrs.2018.03.002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Парк, С.Х., Ван, В. С., Радойчич, Дж., Де Анжелис, А. А., Беркамп, С., и Опелла, С. Дж. (2015). Усиление парамагнитной релаксации мембранных белков за счет включения хелатирующей металл неприродной аминокислоты 2-амино-3- (8-гидроксихинолин-3-ил) пропановой кислоты (HQA). J. Biomol. ЯМР 61, 185–196. DOI: 10.1007 / s10858-014-9884-5

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Pintacuda, G., and Otting, G. (2002). Идентификация белковых поверхностей с помощью ЯМР-измерений с прамагнитным хелатом Gd (III). J. Am. Chem. Soc. 124, 372–373. DOI: 10.1021 / ja016985h

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Престегард, Дж. Х., аль-Хашими, Х. М., и Толман, Дж. Р. (2000). Структуры ЯМР биомолекул с использованием сред, ориентированных на поле, и остаточных диполярных связей. Q. Rev. Biophys. 33, 371–424. DOI: 10.1017 / S0033583500003656

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Рогавски Р., Макдермотт А. Э.(2017). Новые инструменты ЯМР для определения структуры и функции белков: спиновые метки для твердотельного ЯМР с динамической ядерной поляризацией. Arch. Biochem. Биофиз. 628, 102–113. DOI: 10.1016 / j.abb.2017.06.010

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Solinas, G., Vilcu, C., Neels, J. G., Bandyopadhyay, G. K., Luo, J. L., Naugler, W., et al. (2007). JNK1 в гемопоэтических клетках способствует воспалению, вызванному диетой, и инсулинорезистентности, не влияя на ожирение. Cell Metabol. 6, 386–397. DOI: 10.1016 / j.cmet.2007.09.011

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Staple, D. W., Venditti, V., Niccolai, N., Elson-Schwab, L., Tor, Y., and Butcher, S. E. (2008). Распознавание гуанидинонеомицином В спирали РНК ВИЧ-1. Chembiochem 9, 93–102. DOI: 10.1002 / cbic.200700251

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сух, Дж. Ю., Цай, М., и Клор, Г. М. (2008).Влияние фосфорилирования на структуру и термодинамику взаимодействия между N-концевым доменом фермента I и гистидинфосфонесущим белком бактериальной фосфотрансферазной системы. J. Biol. Chem. 283, 18980–18989. DOI: 10.1074 / jbc.M802211200

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Theint, T., Xia, Y., Nadaud, P. S., Mukhopadhyay, D., Schwieters, C.D., Surewicz, K., et al. (2018). Структурные исследования амилоидных фибрилл методом парамагнитной твердотельной ядерно-магнитной резонансной спектроскопии. J. Am. Chem. Soc. 140, 13161–13166. DOI: 10.1021 / jacs.8b06758

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Tjandra, N., and Bax, A. (1997). Прямое измерение расстояний и углов в биомолекулах методом ЯМР в разбавленной жидкокристаллической среде. Наука 278, 1111–1114. DOI: 10.1126 / science.278.5340.1111

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Тугаринов В., Хван П.М., Оллереншоу Дж.Э. и Кей Л. Э. (2003). Кросс-коррелированная релаксация усиливает спектроскопию ЯМР 1H [связи] 13C метильных групп в белках с очень высокой молекулярной массой и белковых комплексах. J. Am. Chem. Soc. 125, 10420–10428. DOI: 10.1021 / ja030153x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Варраццо Д., Бернини А., Спига О., Чютти А., Кьеллини С., Вендитти В. и др. (2005). Трехмерный расчет атомной глубины в сложных молекулярных структурах. Биоинформатика 21, 2856–2860. DOI: 10.1093 / биоинформатика / bti444

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вендитти В., Бернини А., Де Симоне А., Спига О., Приски Ф. и Никколаи Н. (2007). МД и ЯМР исследования доступности поверхности альфа-бунгаротоксина. Biochem. Биофиз. Res. Commun. 356, 114–117. DOI: 10.1016 / j.bbrc.2007.02.094

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вендитти, В., Эгнер, Т.К., Клор, Г.М. (2016). Гибридные подходы к структурной характеристике конформационных ансамблей сложных макромолекулярных систем, сочетающие остаточные диполярные связи ЯМР и рассеяние рентгеновских лучей в растворах. Chem. Ред. 116, 6305–6322. DOI: 10.1021 / acs.chemrev.5b00592

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вендитти В., Никколаи Н. и Бутчер С. Э. (2008). Измерение динамической поверхностной доступности РНК с помощью небольшой парамагнитной молекулы TEMPOL. Nucl. Acids Res. 36, 1–10. DOI: 10.1093 / nar / gkm1062

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Vlahopoulos, S.A., Cen, O., Hengen, N., Agan, J., Moschovi, M., Critselis, E., et al. (2015). Динамический аберрантный NF-κB стимулирует туморогенез: новая модель, охватывающая микросреду. Cytok. Фактор роста Rev. 26, 389–403. DOI: 10.1016 / j.cytogfr.2015.06.001

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван, К., Гривенников, С.И., Карин, М. (2013). Значение антицитокиновой терапии при колоректальном раке и аутоиммунных заболеваниях. Ann. Ревмат. Дис. 72 (Приложение 2), 100–103. DOI: 10.1136 / annrheumdis-2012-202201

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван С., Мунро Р. А., Ким С. Ю., Юнг К.-Х., Браун Л. С., Ладижанский В. (2012). Усиление парамагнитной релаксации выявляет границу олигомеризации мембранного белка. J. Am.Chem. Soc. 134, 16995–16998. DOI: 10.1021 / ja308310z

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Уильямс, Д. К. мл., Цай, М., и Клор, Г. М. (2004). Молекулярная основа синергической транскрипционной активации Oct1 и Sox2, выявленная из структуры раствора 42-кДа Oct1.Sox2.Hoxb1-ДНК комплекса тройного фактора транскрипции. J. Biol. Chem. 279, 1449–1457. DOI: 10.1074 / jbc.M3097

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сюй, Ю., Чжэн, Ю., Фань, Дж. С., и Ян, Д. (2006). Новая стратегия определения структуры больших белков в растворе без дейтерирования. Nat. Методы 3, 931–937. DOI: 10.1038 / nmeth938

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ян С., Суйтер К. Л., Хоу Г., Чжан Х. и Поленова Т. (2013). Исследование структуры и динамики белковых ансамблей методом ЯМР-спектроскопии с вращением под магическим углом. В соотв. Chem. Res. 46, 2047–2058. DOI: 10.1021 / ar300309s

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Янг Дж., Тасайко М. Л. и Поленова Т. (2008). Эксперименты ЯМР с вращением под магическим углом для структурных исследований дифференциально обогащенных межбелковых поверхностей и белковых ансамблей. J. Am. Chem. Soc. 130, 5798–5807. DOI: 10.1021 / ja711304e

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности.Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.

Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в cookie-файлах может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

сетей белок-белкового взаимодействия — Creative Proteomics

Белки — это жизненно важные макромолекулы, которые способствуют разнообразным биологическим процессам как на клеточном, так и на системном уровнях.Огромные молекулярные процессы регулируются с помощью большого количества белковых компонентов, организованных белок-белковыми взаимодействиями (PPI), которые относятся к преднамеренным физическим контактам, устанавливаемым между двумя или более белками и приводящим к определенным биохимическим событиям. Такие взаимодействия лежат в основе всей системы взаимодействия живых клеток, поэтому неудивительно, что определенные PPI идентифицируются с корреляцией множества заболеваний.

Рис. 1. Горячие точки белок-белкового взаимодействия и аллостерические участки.(Turnbull A. P. et al .; 2014)

Обнаружение и проверка белок-белкового взаимодействия — это первый шаг к пониманию того, где, как и при каких условиях взаимодействуют эти белки in vitro / in vivo и их функциональные последствия, лежащие в основе взаимодействий. Как показано в таблице 1, некоторые популярные методы исследования PPI перечислены ниже.

Таблица 1. Наиболее популярные методы в исследованиях ИПП

Анализ белкового взаимодействия в Creative Proteomics

В нашей группе для изучения ИПП применялись различные методы.У каждого метода есть свои преимущества и ограничения. Мы инструктируем наших клиентов по наиболее подходящему методу. Наши услуги включают, но не ограничиваются:

Co-IP — это полезный метод in vitro для оценки белков, участвующих в комплексе, и того, прочно ли они связываются друг с другом. Идентификация PPI использует специфические для целевого белка антитела для захвата белков, которые связаны с конкретным целевым белком. Co-IP позволяет улавливать и очищать не только первичную мишень, но и другие макромолекулы, участвующие во взаимодействиях.

Метод «pull-down» способен обнаруживать физическое взаимодействие между двумя или более белками и выявлять ранее неизвестные PPI. В анализе методом «выталкивания» белок-приманка маркируется и иммобилизуется на аффинной смоле. Когда образец инкубируется с белками приманки, белки, связывающиеся с белками приманки, улавливаются и «вытягиваются».

Анализ взаимодействия сшивающего белка подходит для кратковременного или слабого взаимодействия, которое может быть выполнено in vivo или in vitro .В этом методе аналитический раствор, такой как сшивающие реагенты или сшивающие агенты, позволяет блокировать комплексы белок-белок за счет ковалентного связывания с последующим выделением и характеристикой.

Перенос меток применялся для обнаружения временных или слабых PPI, которые трудно уловить с помощью других стратегий обнаружения in vitro . Реагент переноса метки будет использоваться для маркировки белков, которые взаимодействуют с интересующим белком. Разработка новых неизотопных реагентов и методов позволила сделать анализ переноса меток более простым и доступным.

Фар-вестерн-блоттинг, основанный на процедуре иммуноблоттинга, также обнаруживает PPI in vitro и не требует сохранения нативного состояния целевого белка. В этом методе очищенный и помеченный белок-приманка используется для зондирования целевого белка-жертвы на мембране.

Инактивировать или денатурировать белок
Изменить кинетические свойства ферментов
Создать новый сайт связывания, обычно для малых эффекторных молекул
Изменить специфичность белка для его субстрат посредством взаимодействия с различными партнерами по связыванию
Выполняет регуляторную роль в восходящем или нисходящем событии
Обеспечивает канализацию субстрата путем перемещения субстрата между доменами или субъединицами, что в конечном итоге приводит к намеченному конечному продукту

Creative Proteomics Имея команду ученых с конкретным опытом в исследованиях взаимодействия белок-белок, наша сетевая платформа взаимодействия белок-белок поможет вам расшифровать взаимодействие белок-белок и расширить кругозор ваших исследований.

Наша процедура заказа следующая. Если у вас есть какие-либо вопросы или особые требования, свяжитесь с нами.

Ссылка:

1. Тернбулл А. П., Бойд С. М., Уолс Б. Открытие лекарств на основе фрагментов и белок-белковые взаимодействия. Исследования и отчеты в области биохимии, 2014 г., 4: 13-26.

* Только для исследовательских целей. Не использовать в диагностических процедурах.

Наши представители по обслуживанию клиентов доступны 24 часа в сутки, 7 дней в неделю.Расследование .

Белковый коктейль Whey Protein порошковая смесь протеин Ёбатон клубничный

протеин | Yobaton

Полипротэн Протеин Медицина — лечебное питание 400 гр.

Калорийность Протеин белковый MultiProtein «Клубника/банан» PRIME KRAFT. Химический состав и пищевая ценность.

Пищевая ценность и химический состав

Многокомпонентный протеин

Последние достижения в разработке модуляторов белок-белковых взаимодействий: механизмы и клинические испытания

Обзор анализа белок-белкового взаимодействия | Thermo Fisher Scientific

Введение в белок-белковые взаимодействия

Справочник по приготовлению белков

Общие методы анализа различных типов белковых взаимодействий

Взаимодействие белок-белок — обзор

1 Введение

Взаимодействие белок-белок — обзор

2.2 Регуляция посттрансляционной модификацией

Границы | Методы ЯМР для структурной характеристики белково-белковых комплексов

Введение

Интерфейс и сродство связывания посредством экспериментов по усилению парамагнитной релаксации в растворителе и возмущениям химического сдвига

Возмущение химического сдвига (CSP)

Усиление парамагнитной релаксации в растворителе (PRE)

Структурные модели из данных Solvent-PRE и CSP

Методы ЯМР для определения структур атомного разрешения белок-белковых комплексов

Межмолекулярный ядерный эффект Оверхаузера (NOE)

Остаточно-диполярная муфта (RDC)

Белковые взаимодействия в твердом состоянии

Межмолекулярное гетероядерное взаимодействие

Методы дефазирования

Межмолекулярная кросс-поляризация

Выводы

Заявление о доступности данных

Авторские взносы

Финансирование

Конфликт интересов

Благодарности

Список литературы

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Что сохраняется в файле cookie?

сетей белок-белкового взаимодействия — Creative Proteomics

Вам так же может понравиться...

Упражнения на мышцы живота: 3 лучших упражнения от обвисшего живота: помогают всем!

Hiit тренировки что это такое: Фитнес-бомба: что такое HIIT-тренировки

Тренировки сжигание жира: Упражнения, которые сжигают жир

Добавить комментарий Отменить ответ